计算化学公社

标题: 请教轨迹转换的问题 [打印本页]

作者
Author: xxj9618 时间: 2016-3-18 09:00
标题: 请教轨迹转换的问题
我现在想把gromacs的top文件和轨迹文件，转换成amber的top文件和轨迹文件，请问有方法实现吗，谢谢大家

作者
Author: greatzdk 时间: 2016-3-18 09:23
轨迹可以转换，top暂时不知道如何将gmx转成amber
轨迹转换使用vmd中的工具catdcd，google下载catdcd4.0即可使用。
具体命令的使用参考该工具的帮助

作者
Author: xxj9618 时间: 2016-3-18 09:44

greatzdk 发表于 2016-3-18 09:23
轨迹可以转换，top暂时不知道如何将gmx转成amber
轨迹转换使用vmd中的工具catdcd，google下载catdcd4.0即 ...

好的，非常感谢

作者
Author: greatzdk 时间: 2016-3-18 11:24
本帖最后由 greatzdk 于 2016-3-18 11:38 编辑

建议输出binpos格式-crd <amber mdcrd without box>
-crdbox <amber mdcrd with box>

或者试试crdbox，
尝试加上-s这个坐标信息。
或者用ambertools 的cpptraj

作者
Author: xxj9618 时间: 2016-3-18 13:46

greatzdk 发表于 2016-3-18 11:24
建议输出binpos格式-crd
-crdbox

好的，谢谢拉

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)