计算化学公社

标题: 请问VMD删除某个化学键的命令是什么呢？ [打印本页]

作者
Author: Labber 时间: 2022-4-1 13:59
标题: 请问VMD删除某个化学键的命令是什么呢？
如题，利用菜单栏的add/remove bonds总是会显示原子标签而没有删除化学键，请问在命令行该怎么输入命令，删除某个化学键呢？
因为在高斯是没有成键的，在VMD就多连接了一个键

作者
Author: AndrewX 时间: 2022-4-1 14:19
GaussView中不成键并不一定对，这和GV判断成键的规则有关，具体见Sob博文http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html
另外，VMD中加上或删除键可以用Mouse - Add/Remove Bonds，点击这两个原子的正中心即可成键，点击两个已经成键的原子即可删除键

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-1 14:27
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html）

add/remove bonds状态下点击处于成键状态的两个原子绝对不可能没删掉键，要么选项没选对，要么没点击原子正中心

作者
Author: Labber 时间: 2022-4-1 14:34
本帖最后由 Labber 于 2022-4-1 14:53 编辑

sobereva 发表于 2022-4-1 14:27
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread- ...

谢谢老师，问题已解决！就是如果用VMD+AIM拓扑分析产生键径以及CP之后，再把IGMH的dg_inter.cube+sl2r.cube叠加上去的话，靠点击Mouse 功能是删除不了两个分子之间多连接的那根键。
但是单独的IGMH文件展示的话，是可以删除多连接的化学键的。

两个叠加的图，需要先把CPs.pdb和paths.pdb先双击面板D变成红色隐藏之后，sl2r.pdb状态下先把键给删除，然后再重新显示回CPs和paths。

小白心累折腾了好久，终于找到原因......希望遇到同样问题的小伙伴可以借鉴

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-1 23:53

Labber 发表于 2022-4-1 14:34
谢谢老师，问题已解决！就是如果用VMD+AIM拓扑分析产生键径以及CP之后，再把IGMH的dg_inter.cube+sl2r.cu ...

那是因为和原子重合了，导致你点的不是原子，而点到了键径上的点或者临界点
所以提问时必须说清楚情况，否则谁也想不到你当前是这种情况

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