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标题: GMX运行 -multidir命令报错怎么修改？ [打印本页]

作者
Author: chengb917 时间: 2022-4-1 14:22
标题: GMX运行 -multidir命令报错怎么修改？
各位好，我在运行gmx脚本命令：gmx mdrun -v --deffnm lambda -cpi lambda.cpt -multidir $(ls -v | egrep "lambda[0-9]+$") 时，出现如下错误：

Fatal error:
mdrun -multi or -multidir are not supported with the thread-MPI library.
Please compile GROMACS with a proper external MPI library.

这个-multidir该如何修改呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-1 15:29
带着MPI库编译成MPI版
这么做这里说了
GROMACS的安装方法（含全程视频演示）
http://sobereva.com/457（http://bbs.keinsci.com/thread-11821-1-1.html）

作者
Author: chengb917 时间: 2022-4-1 16:19

sobereva 发表于 2022-4-1 15:29
带着MPI库编译成MPI版
这么做这里说了
GROMACS的安装方法（含全程视频演示）

感谢sob老师的解答，有没有可能不编译openMPI，修改-multidir这个命令，让程序可以识别。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-2 00:00

chengb917 发表于 2022-4-1 16:19
感谢sob老师的解答，有没有可能不编译openMPI，修改-multidir这个命令，让程序可以识别。

不可能

作者
Author: zhang935432349 时间: 2022-8-30 11:29
请问同学你是要使用PyAutoFEP吗，我最近在尝试使用，中间报错命令和你这里的是一样的。请问解决了吗，我目前经过多次尝试，要么编译成gmx_mpi版本但是会造成前面需要使用gmx的时候无法调用gmx，要么就是不编译gmx版本，像你一样使用到-multidir的时候提示需要编译mpi版本。如果解决了能详细介绍下怎么解决的吗谢谢啦

作者
Author: sye 时间: 2024-7-30 20:43

zhang935432349 发表于 2022-8-30 11:29
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