计算化学公社
标题:
Gaussian优化过程中如何固定中性物质的带电基团
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作者Author:
HappyEDay
时间:
2022-4-1 16:15
标题:
Gaussian优化过程中如何固定中性物质的带电基团
想看看A和B能否进行静电吸引,于是在一个优化命令的文件中同时输入了 具有1个阴离子和1个阳离子的中性物质A 和 带有负电的物质B,优化着优化着A的阴离子和阳离子发生质子转移把正负电中和了,想请问一下有什么办法可以固定住A的阴离子和阳离子吗?
**因为这个物质A是含有一个氨基又含有一个羧基,在pH=8的时候体现出来的就是NH3+和COO-……所以猜测它和负电的物质B有静电作用,然后就把A、B同时放进去优化结构了
作者Author:
sobereva
时间:
2022-4-1 16:21
记得带溶剂模型
作者Author:
wzkchem5
时间:
2022-4-2 00:24
NH3+、COO-只有在水之类的强极性溶剂里才能稳定存在。低极性溶剂里因为生成离子所需的能量比较高,导致NH3+的pKa反倒比COOH低,所以低极性溶剂里质子本来就应该转移过去,变成NH2 COOH。即便是在水里,如果NH3+和COO-的局部环境极性比较低(比如处于蛋白的疏水空腔里),那么质子也会转移。
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