标题: 求助：末端非标准残基pdb2gmx不能正确识别 [打印本页] 作者Author: miaoxk 时间: 2022-4-2 12:18 标题: 求助：末端非标准残基pdb2gmx不能正确识别 构建了非标准残基【GM1】的charmm36力场的.rtp，但是GM1位于多肽的N端。
1:按照n.tdb的格式定义了GM1的n.tdb。
pdb2gmx -f peptide.pdb -o peptide.gro -ter
N端选择【GM1-NH3+】,
报错：
Fatal error:
Residue 2 named GM1 of a molecule in the input file was mapped to an entry in the topology database，
but the atom C used in that entry is not found in the input file. Perhaps your atom
and/or residue naming needs to be fixed .
2:将GM1的.rtp内容手动改为离子化状态，对应修改.pdb。在N端选择时，选None，还是报上面的错。
3:如果把GM1放在肽链中间，除了会产生几个超长错误键，其它正常。