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标题: poly-DOL itp文件出错 [打印本页]

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Author: ccawy0215 时间: 2022-4-2 15:47
标题: poly-DOL itp文件出错
我跑一个DOL的聚合物，普通的3聚体，运行GROMACS时一直报错。
LINCS 错误和1，4 iteraction错误，这是因为ITP文件的问题吗？
itp就是用acpype流程做的。电荷是RESP计算流程。

; P-DOL-3_GMX.itp created by acpype (Rev: 0) on Wed Mar 30 14:15:12 2022

[ moleculetype ]
;name          nrexcl
DOLL       3

[ atoms ]
; nr  type  resi  res  atom  cgnr    charge    mass    ; qtot bond_type
   1 os    1 DOLL O1 1    -0.5037216914    16.00000 ; qtot 0.000
   2 c3    1 DOLL C2 2    0.3467519111    12.01000 ; qtot 0.000
   3 c3    1 DOLL C3 3    0.5281158707    12.01000 ; qtot 0.000
   4 c3    1 DOLL C4 4    0.3138993718    12.01000 ; qtot 0.000
   5 h1    1 DOLL H5 5    -0.0356438714    1.00800 ; qtot 0.000
   6 h1    1 DOLL H6 6    -0.0356438714    1.00800 ; qtot 0.000
   7 os    1 DOLL O7 7    -0.5110421515    16.00000 ; qtot 0.000
   8 h2    1 DOLL H8 8    -0.0275471375    1.00800 ; qtot 0.000
   9 h2    1 DOLL H9 9    -0.0275471375    1.00800 ; qtot 0.000
10 os    1 DOLL O10 10    -0.5307631873    16.00000 ; qtot 0.000
11 h1    1 DOLL H11 11    -0.0288938497    1.00800 ; qtot 0.000
12 h1    1 DOLL H12 12    -0.0288938497    1.00800 ; qtot 0.000
13 c3    1 DOLL C13 13    0.3268408859    12.01000 ; qtot 0.000
14 c3    1 DOLL C14 14    0.4961192000    12.01000 ; qtot 0.000
15 c3    1 DOLL C15 15    0.3225392209    12.01000 ; qtot 0.000
16 h1    1 DOLL H16 16    -0.0293566663    1.00800 ; qtot 0.000
17 h1    1 DOLL H17 17    -0.0293566663    1.00800 ; qtot 0.000
18 h2    1 DOLL H18 18    0.0038690318    1.00800 ; qtot 0.000
19 h2    1 DOLL H19 19    0.0038690318    1.00800 ; qtot 0.000
20 oh    1 DOLL O20 20    -0.6635411081    16.00000 ; qtot 0.000
21 os    1 DOLL O21 21    -0.4973224689    16.00000 ; qtot 0.000
22 h1    1 DOLL H22 22    -0.0247333349    1.00800 ; qtot 0.000
23 h1    1 DOLL H23 23    -0.0247333349    1.00800 ; qtot 0.000
24 ho    1 DOLL H24 24    0.4277698241    1.00800 ; qtot 0.000
25 c3    1 DOLL C25 25    0.5373151717    12.01000 ; qtot 0.000
26 os    1 DOLL O26 26    -0.5191483496    16.00000 ; qtot 0.000
27 h2    1 DOLL H27 27    -0.0382506553    1.00800 ; qtot 0.000
28 h2    1 DOLL H28 28    -0.0382506553    1.00800 ; qtot 0.000
29 c3    1 DOLL C29 29    0.3073477423    12.01000 ; qtot 0.000
30 c3    1 DOLL C30 30    0.3687759513    12.01000 ; qtot 0.000
31 h1    1 DOLL H31 31    -0.0077210762    1.00800 ; qtot 0.000
32 h1    1 DOLL H32 32    -0.0077210762    1.00800 ; qtot 0.000
33 oh    1 DOLL O33 33    -0.7424633892    16.00000 ; qtot 0.000
34 h1    1 DOLL H34 34    -0.0314734142    1.00800 ; qtot 0.000
35 h1    1 DOLL H35 35    -0.0314734142    1.00800 ; qtot 0.000
36 ho    1 DOLL H36 36    0.4320291432    1.00800 ; qtot 0.000

[ bonds ]
; ai    aj funct r          k
   1    2 1 1.4316e-01 2.5824e+05 ;    O1 - C2
   1    3 1 1.4316e-01 2.5824e+05 ;    O1 - C3
   2    4 1 1.5375e-01 2.5179e+05 ;    C2 - C4
   2    5 1 1.0969e-01 2.7665e+05 ;    C2 - H5
   2    6 1 1.0969e-01 2.7665e+05 ;    C2 - H6
   3    7 1 1.4316e-01 2.5824e+05 ;    C3 - O7
   3    8 1 1.0961e-01 2.7757e+05 ;    C3 - H8
   3    9 1 1.0961e-01 2.7757e+05 ;    C3 - H9
   4    10 1 1.4316e-01 2.5824e+05 ;    C4 - O10
   4    11 1 1.0969e-01 2.7665e+05 ;    C4 - H11
   4    12 1 1.0969e-01 2.7665e+05 ;    C4 - H12
   7    13 1 1.4316e-01 2.5824e+05 ;    O7 - C13
10    14 1 1.4316e-01 2.5824e+05 ; O10 - C14
13    15 1 1.5375e-01 2.5179e+05 ; C13 - C15
13    16 1 1.0969e-01 2.7665e+05 ; C13 - H16
13    17 1 1.0969e-01 2.7665e+05 ; C13 - H17
14    18 1 1.0961e-01 2.7757e+05 ; C14 - H18
14    19 1 1.0961e-01 2.7757e+05 ; C14 - H19
14    20 1 1.4233e-01 2.6501e+05 ; C14 - O20
15    21 1 1.4316e-01 2.5824e+05 ; C15 - O21
15    22 1 1.0969e-01 2.7665e+05 ; C15 - H22
15    23 1 1.0969e-01 2.7665e+05 ; C15 - H23
20    24 1 9.7300e-02 3.1079e+05 ; O20 - H24
21    25 1 1.4316e-01 2.5824e+05 ; O21 - C25
25    26 1 1.4316e-01 2.5824e+05 ; C25 - O26
25    27 1 1.0961e-01 2.7757e+05 ; C25 - H27
25    28 1 1.0961e-01 2.7757e+05 ; C25 - H28
26    29 1 1.4316e-01 2.5824e+05 ; O26 - C29
29    30 1 1.5375e-01 2.5179e+05 ; C29 - C30
29    31 1 1.0969e-01 2.7665e+05 ; C29 - H31
29    32 1 1.0969e-01 2.7665e+05 ; C29 - H32
30    33 1 1.4233e-01 2.6501e+05 ; C30 - O33
30    34 1 1.0969e-01 2.7665e+05 ; C30 - H34
30    35 1 1.0969e-01 2.7665e+05 ; C30 - H35
33    36 1 9.7300e-02 3.1079e+05 ; O33 - H36

[ pairs ]
; ai    aj funct
   1    10    1 ;    O1 - O10
   1    11    1 ;    O1 - H11
   1    12    1 ;    O1 - H12
   1    13    1 ;    O1 - C13
   2    7    1 ;    C2 - O7
   2    8    1 ;    C2 - H8
   2    9    1 ;    C2 - H9
   2    14    1 ;    C2 - C14
   3    4    1 ;    C3 - C4
   3    5    1 ;    C3 - H5
   3    6    1 ;    C3 - H6
   3    15    1 ;    C3 - C15
   3    16    1 ;    C3 - H16
   3    17    1 ;    C3 - H17
   4    18    1 ;    C4 - H18
   4    19    1 ;    C4 - H19
   4    20    1 ;    C4 - O20
   5    10    1 ;    H5 - O10
   5    11    1 ;    H5 - H11
   5    12    1 ;    H5 - H12
   6    10    1 ;    H6 - O10
   6    11    1 ;    H6 - H11
   6    12    1 ;    H6 - H12
   7    21    1 ;    O7 - O21
   7    22    1 ;    O7 - H22
   7    23    1 ;    O7 - H23
   8    13    1 ;    H8 - C13
   9    13    1 ;    H9 - C13
10    24    1 ; O10 - H24
11    14    1 ; H11 - C14
12    14    1 ; H12 - C14
13    25    1 ; C13 - C25
15    26    1 ; C15 - O26
15    27    1 ; C15 - H27
15    28    1 ; C15 - H28
16    21    1 ; H16 - O21
16    22    1 ; H16 - H22
16    23    1 ; H16 - H23
17    21    1 ; H17 - O21
17    22    1 ; H17 - H22
17    23    1 ; H17 - H23
18    24    1 ; H18 - H24
19    24    1 ; H19 - H24
21    29    1 ; O21 - C29
22    25    1 ; H22 - C25
23    25    1 ; H23 - C25
25    30    1 ; C25 - C30
25    31    1 ; C25 - H31
25    32    1 ; C25 - H32
26    33    1 ; O26 - O33
26    34    1 ; O26 - H34
26    35    1 ; O26 - H35
27    29    1 ; H27 - C29
28    29    1 ; H28 - C29
29    36    1 ; C29 - H36
31    33    1 ; H31 - O33
31    34    1 ; H31 - H34
31    35    1 ; H31 - H35
32    33    1 ; H32 - O33
32    34    1 ; H32 - H34
32    35    1 ; H32 - H35
34    36    1 ; H34 - H36
35    36    1 ; H35 - H36

[ angles ]
; ai    aj    ak funct theta       cth
   1    2    4    1 1.0797e+02 5.6902e+02 ;    O1 - C2    - C4
   1    2    5    1 1.0978e+02 4.2509e+02 ;    O1 - C2    - H5
   1    2    6    1 1.0978e+02 4.2509e+02 ;    O1 - C2    - H6
   1    3    7    1 1.0829e+02 6.0835e+02 ;    O1 - C3    - O7
   1    3    8    1 1.0958e+02 4.2593e+02 ;    O1 - C3    - H8
   1    3    9    1 1.0958e+02 4.2593e+02 ;    O1 - C3    - H9
   2    1    3    1 1.1248e+02 5.2467e+02 ;    C2 - O1    - C3
   2    4    10    1 1.0797e+02 5.6902e+02 ;    C2 - C4    - O10
   2    4    11    1 1.0956e+02 3.8828e+02 ;    C2 - C4    - H11
   2    4    12    1 1.0956e+02 3.8828e+02 ;    C2 - C4    - H12
   3    7    13    1 1.1248e+02 5.2467e+02 ;    C3 - O7    - C13
   4    2    5    1 1.0956e+02 3.8828e+02 ;    C4 - C2    - H5
   4    2    6    1 1.0956e+02 3.8828e+02 ;    C4 - C2    - H6
   4    10    14    1 1.1248e+02 5.2467e+02 ;    C4 - O10 - C14
   5    2    6    1 1.0846e+02 3.2803e+02 ;    H5 - C2    - H6
   7    3    8    1 1.0958e+02 4.2593e+02 ;    O7 - C3    - H8
   7    3    9    1 1.0958e+02 4.2593e+02 ;    O7 - C3    - H9
   7    13    15    1 1.0797e+02 5.6902e+02 ;    O7 - C13 - C15
   7    13    16    1 1.0978e+02 4.2509e+02 ;    O7 - C13 - H16
   7    13    17    1 1.0978e+02 4.2509e+02 ;    O7 - C13 - H17
   8    3    9    1 1.1020e+02 3.2635e+02 ;    H8 - C3    - H9
10    4    11    1 1.0978e+02 4.2509e+02 ; O10 - C4    - H11
10    4    12    1 1.0978e+02 4.2509e+02 ; O10 - C4    - H12
10    14    18    1 1.0958e+02 4.2593e+02 ; O10 - C14 - H18
10    14    19    1 1.0958e+02 4.2593e+02 ; O10 - C14 - H19
10    14    20    1 1.0938e+02 6.0752e+02 ; O10 - C14 - O20
11    4    12    1 1.0846e+02 3.2803e+02 ; H11 - C4    - H12
13    15    21    1 1.0797e+02 5.6902e+02 ; C13 - C15 - O21
13    15    22    1 1.0956e+02 3.8828e+02 ; C13 - C15 - H22
13    15    23    1 1.0956e+02 3.8828e+02 ; C13 - C15 - H23
14    20    24    1 1.0726e+02 3.9664e+02 ; C14 - O20 - H24
15    13    16    1 1.0956e+02 3.8828e+02 ; C15 - C13 - H16
15    13    17    1 1.0956e+02 3.8828e+02 ; C15 - C13 - H17
15    21    25    1 1.1248e+02 5.2467e+02 ; C15 - O21 - C25
16    13    17    1 1.0846e+02 3.2803e+02 ; H16 - C13 - H17
18    14    19    1 1.1020e+02 3.2635e+02 ; H18 - C14 - H19
18    14    20    1 1.0943e+02 4.2760e+02 ; H18 - C14 - O20
19    14    20    1 1.0943e+02 4.2760e+02 ; H19 - C14 - O20
21    15    22    1 1.0978e+02 4.2509e+02 ; O21 - C15 - H22
21    15    23    1 1.0978e+02 4.2509e+02 ; O21 - C15 - H23
21    25    26    1 1.0829e+02 6.0835e+02 ; O21 - C25 - O26
21    25    27    1 1.0958e+02 4.2593e+02 ; O21 - C25 - H27
21    25    28    1 1.0958e+02 4.2593e+02 ; O21 - C25 - H28
22    15    23    1 1.0846e+02 3.2803e+02 ; H22 - C15 - H23
25    26    29    1 1.1248e+02 5.2467e+02 ; C25 - O26 - C29
26    25    27    1 1.0958e+02 4.2593e+02 ; O26 - C25 - H27
26    25    28    1 1.0958e+02 4.2593e+02 ; O26 - C25 - H28
26    29    30    1 1.0797e+02 5.6902e+02 ; O26 - C29 - C30
26    29    31    1 1.0978e+02 4.2509e+02 ; O26 - C29 - H31
26    29    32    1 1.0978e+02 4.2509e+02 ; O26 - C29 - H32
27    25    28    1 1.1020e+02 3.2635e+02 ; H27 - C25 - H28
29    30    33    1 1.1019e+02 5.6484e+02 ; C29 - C30 - O33
29    30    34    1 1.0956e+02 3.8828e+02 ; C29 - C30 - H34
29    30    35    1 1.0956e+02 3.8828e+02 ; C29 - C30 - H35
30    29    31    1 1.0956e+02 3.8828e+02 ; C30 - C29 - H31
30    29    32    1 1.0956e+02 3.8828e+02 ; C30 - C29 - H32
30    33    36    1 1.0726e+02 3.9664e+02 ; C30 - O33 - H36
31    29    32    1 1.0846e+02 3.2803e+02 ; H31 - C29 - H32
33    30    34    1 1.1026e+02 4.2593e+02 ; O33 - C30 - H34
33    30    35    1 1.1026e+02 4.2593e+02 ; O33 - C30 - H35
34    30    35    1 1.0846e+02 3.2803e+02 ; H34 - C30 - H35

[ dihedrals ] ; propers
; for gromacs 4.5 or higher, using funct 9
; i    j    k    l func phase    kd    pn
   1    2    4    10    9    0.00 0.60250 3 ;    O1- C2- C4- O10
   1    2    4    10    9    0.00 4.91620 2 ;    O1- C2- C4- O10
   1    2    4    11    9    0.00 0.00000 0 ;    O1- C2- C4- H11
   1    2    4    11    9    0.00 1.04600 1 ;    O1- C2- C4- H11
   1    2    4    12    9    0.00 0.00000 0 ;    O1- C2- C4- H12
   1    2    4    12    9    0.00 1.04600 1 ;    O1- C2- C4- H12
   1    3    7    13    9    0.00 0.41840 3 ;    O1- C3- O7- C13
   1    3    7    13    9 180.00 3.55640 2 ;    O1- C3- O7- C13
   1    3    7    13    9 180.00 5.64840 1 ;    O1- C3- O7- C13
   2    1    3    7    9    0.00 0.41840 3 ;    C2- O1- C3- O7
   2    1    3    7    9 180.00 3.55640 2 ;    C2- O1- C3- O7
   2    1    3    7    9 180.00 5.64840 1 ;    C2- O1- C3- O7
   2    1    3    8    9    0.00 1.60387 3 ;    C2- O1- C3- H8
   2    1    3    9    9    0.00 1.60387 3 ;    C2- O1- C3- H9
   2    4    10    14    9    0.00 1.60247 3 ;    C2- C4- O10- C14
   2    4    10    14    9 180.00 0.41840 2 ;    C2- C4- O10- C14
   3    1    2    4    9    0.00 1.60247 3 ;    C3- O1- C2- C4
   3    1    2    4    9 180.00 0.41840 2 ;    C3- O1- C2- C4
   3    1    2    5    9    0.00 1.60387 3 ;    C3- O1- C2- H5
   3    1    2    6    9    0.00 1.60387 3 ;    C3- O1- C2- H6
   3    7    13    15    9    0.00 1.60247 3 ;    C3- O7- C13- C15
   3    7    13    15    9 180.00 0.41840 2 ;    C3- O7- C13- C15
   3    7    13    16    9    0.00 1.60387 3 ;    C3- O7- C13- H16
   3    7    13    17    9    0.00 1.60387 3 ;    C3- O7- C13- H17
   4    10    14    18    9    0.00 1.60387 3 ;    C4- O10- C14- H18
   4    10    14    19    9    0.00 1.60387 3 ;    C4- O10- C14- H19
   4    10    14    20    9    0.00 1.60387 3 ;    C4- O10- C14- O20
   5    2    4    10    9    0.00 0.00000 0 ;    H5- C2- C4- O10
   5    2    4    10    9    0.00 1.04600 1 ;    H5- C2- C4- O10
   5    2    4    11    9    0.00 0.65084 3 ;    H5- C2- C4- H11
   5    2    4    12    9    0.00 0.65084 3 ;    H5- C2- C4- H12
   6    2    4    10    9    0.00 0.00000 0 ;    H6- C2- C4- O10
   6    2    4    10    9    0.00 1.04600 1 ;    H6- C2- C4- O10
   6    2    4    11    9    0.00 0.65084 3 ;    H6- C2- C4- H11
   6    2    4    12    9    0.00 0.65084 3 ;    H6- C2- C4- H12
   7    13    15    21    9    0.00 0.60250 3 ;    O7- C13- C15- O21
   7    13    15    21    9    0.00 4.91620 2 ;    O7- C13- C15- O21
   7    13    15    22    9    0.00 0.00000 0 ;    O7- C13- C15- H22
   7    13    15    22    9    0.00 1.04600 1 ;    O7- C13- C15- H22
   7    13    15    23    9    0.00 0.00000 0 ;    O7- C13- C15- H23
   7    13    15    23    9    0.00 1.04600 1 ;    O7- C13- C15- H23
   8    3    7    13    9    0.00 1.60387 3 ;    H8- C3- O7- C13
   9    3    7    13    9    0.00 1.60387 3 ;    H9- C3- O7- C13
10    14    20    24    9    0.00 0.69733 3 ; O10- C14- O20- H24
11    4    10    14    9    0.00 1.60387 3 ; H11- C4- O10- C14
12    4    10    14    9    0.00 1.60387 3 ; H12- C4- O10- C14
13    15    21    25    9    0.00 1.60247 3 ; C13- C15- O21- C25
13    15    21    25    9 180.00 0.41840 2 ; C13- C15- O21- C25
15    21    25    26    9    0.00 0.41840 3 ; C15- O21- C25- O26
15    21    25    26    9 180.00 3.55640 2 ; C15- O21- C25- O26
15    21    25    26    9 180.00 5.64840 1 ; C15- O21- C25- O26
15    21    25    27    9    0.00 1.60387 3 ; C15- O21- C25- H27
15    21    25    28    9    0.00 1.60387 3 ; C15- O21- C25- H28
16    13    15    21    9    0.00 0.00000 0 ; H16- C13- C15- O21
16    13    15    21    9    0.00 1.04600 1 ; H16- C13- C15- O21
16    13    15    22    9    0.00 0.65084 3 ; H16- C13- C15- H22
16    13    15    23    9    0.00 0.65084 3 ; H16- C13- C15- H23
17    13    15    21    9    0.00 0.00000 0 ; H17- C13- C15- O21
17    13    15    21    9    0.00 1.04600 1 ; H17- C13- C15- O21
17    13    15    22    9    0.00 0.65084 3 ; H17- C13- C15- H22
17    13    15    23    9    0.00 0.65084 3 ; H17- C13- C15- H23
18    14    20    24    9    0.00 0.69733 3 ; H18- C14- O20- H24
19    14    20    24    9    0.00 0.69733 3 ; H19- C14- O20- H24
21    25    26    29    9    0.00 0.41840 3 ; O21- C25- O26- C29
21    25    26    29    9 180.00 3.55640 2 ; O21- C25- O26- C29
21    25    26    29    9 180.00 5.64840 1 ; O21- C25- O26- C29
22    15    21    25    9    0.00 1.60387 3 ; H22- C15- O21- C25
23    15    21    25    9    0.00 1.60387 3 ; H23- C15- O21- C25
25    26    29    30    9    0.00 1.60247 3 ; C25- O26- C29- C30
25    26    29    30    9 180.00 0.41840 2 ; C25- O26- C29- C30
25    26    29    31    9    0.00 1.60387 3 ; C25- O26- C29- H31
25    26    29    32    9    0.00 1.60387 3 ; C25- O26- C29- H32
26    29    30    33    9    0.00 0.60250 3 ; O26- C29- C30- O33
26    29    30    33    9    0.00 4.91620 2 ; O26- C29- C30- O33
26    29    30    34    9    0.00 0.00000 0 ; O26- C29- C30- H34
26    29    30    34    9    0.00 1.04600 1 ; O26- C29- C30- H34
26    29    30    35    9    0.00 0.00000 0 ; O26- C29- C30- H35
26    29    30    35    9    0.00 1.04600 1 ; O26- C29- C30- H35
27    25    26    29    9    0.00 1.60387 3 ; H27- C25- O26- C29
28    25    26    29    9    0.00 1.60387 3 ; H28- C25- O26- C29
29    30    33    36    9    0.00 0.66944 3 ; C29- C30- O33- H36
29    30    33    36    9    0.00 1.04600 1 ; C29- C30- O33- H36
31    29    30    33    9    0.00 0.00000 0 ; H31- C29- C30- O33
31    29    30    33    9    0.00 1.04600 1 ; H31- C29- C30- O33
31    29    30    34    9    0.00 0.65084 3 ; H31- C29- C30- H34
31    29    30    35    9    0.00 0.65084 3 ; H31- C29- C30- H35
32    29    30    33    9    0.00 0.00000 0 ; H32- C29- C30- O33
32    29    30    33    9    0.00 1.04600 1 ; H32- C29- C30- O33
32    29    30    34    9    0.00 0.65084 3 ; H32- C29- C30- H34
32    29    30    35    9    0.00 0.65084 3 ; H32- C29- C30- H35
34    30    33    36    9    0.00 0.69733 3 ; H34- C30- O33- H36
35    30    33    36    9    0.00 0.69733 3 ; H35- C30- O33- H36

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-2 22:34
用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生拓扑文件，参考网站里的聚合物的itp构建教程
如果弄出来有类似问题，去看网页里的FAQ8

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