计算化学公社

标题: vmd显示蛋白质问题 [打印本页]

作者
Author:
mol    时间: 2022-4-4 06:10
标题: vmd显示蛋白质问题
诸位前辈好,小弟最近在研究蛋白质在界面上的吸附问题,在用vmd1.9.3打算对蛋白质采用newcartoon方式显示并根据二级结构着色的过程中,发现如下报错:
File C:\Users\dell\AppData\Local\Temp\2 has too many atoms in residue TDM 0
Error reading PDB file C:\Users\dell\AppData\Local\Temp\2
ERROR) Unable to find Stride output file: C:\Users\dell\AppData\Local\Temp\3
ERROR) Stride::read_stride_record: unable to read output file from Stride
ERROR) Call to Stride program failed.


大概是认为我的衬底TDM上原子太多(167个),但是我试了试另外一种衬底I7U的结构(191个原子),一切显示正常,不知问题在何处?
以下是两者pdb文件截图,小弟拜谢。
(, 下载次数 Times of downloads: 10) (, 下载次数 Times of downloads: 13)

作者
Author:
乐平    时间: 2022-4-4 11:21
为什么不直接上传报错的 pdb 文件呢……
截个片段的图根本看不出问题啊……




欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3