计算化学公社

标题: 大分子S-S键键能计算求助 [打印本页]

作者
Author: nianbin 时间: 2022-4-5 15:48
标题: 大分子S-S键键能计算求助
请问各位，我有几个类似图中的大分子，相比较其中S-S键的键能，应该选择什么方法比较合适？使用orca结合BLYP D3 GCP(DFT/SVP) def2-SVP def2-SVP/J是否合理？这样计算出来的单点能是否能定性准确？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-4-5 16:29
这个理论级别太低了，泛函至少要用B3LYP-D3，基组至少要用def2-TZVP。结构优化用B3LYP-D3/def2-SVP（加gCP）倒是可以。
此外注意恰当描述溶剂效应，以及做充分的构象搜索，这个分子实际的最稳定构象未必是你画的这样，搞不好左右两个分子片段倾向于因为范德华作用互相吸引而在一起

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-5 21:45
要考虑清楚算这个键能时是否要等效地纳入体系左右两坨结构的影响。如果不需要考虑其影响，可直接构造个模型体系，在酯基处截断并封闭，当小体系算可以用很高精度的方法，诸如CCSD(T)。

如果要考虑体系两侧两坨结构的影响，要看计算具体对应什么情况，如果当前体系是孤立体系，就牵扯到构象搜索的问题。当前体系实际能量最低结构肯定不是当前图里的样子。

作者
Author: nianbin 时间: 2022-4-6 08:36

sobereva 发表于 2022-4-5 21:45
要考虑清楚算这个键能时是否要等效地纳入体系左右两坨结构的影响。如果不需要考虑其影响，可直接构造个模型 ...

是的，卢老师，这个结构还没有做结构优化以及构型搜索，我想请问下，如果需要考虑两边的结构，应该用什么理论级别做优化以及SP比较合适？一共三百个原子。我的服务器是36核心60G内存。

作者
Author: nianbin 时间: 2022-4-6 08:37

wzkchem5 发表于 2022-4-5 16:29
这个理论级别太低了，泛函至少要用B3LYP-D3，基组至少要用def2-TZVP。结构优化用B3LYP-D3/def2-SVP（加gCP ...

多谢老师回复，请问下，我的这个结构有300个原子，使用b3lyp/def2svp应该算不动吧？（我的服务器是36核心 60GB 内存）

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-4-6 14:47

nianbin 发表于 2022-4-6 01:37
多谢老师回复，请问下，我的这个结构有300个原子，使用b3lyp/def2svp应该算不动吧？（我的服务器是36核心 ...

如果算不动，两边的基团可以用xTB描述。S-S键附近的结构优化必须至少用B3LYP/def2-SV(P)，不能再低了

作者
Author: nianbin 时间: 2022-4-6 15:34

wzkchem5 发表于 2022-4-6 14:47
如果算不动，两边的基团可以用xTB描述。S-S键附近的结构优化必须至少用B3LYP/def2-SV(P)，不能再低了

这个想法太棒了，非常感谢

作者
Author: nianbin 时间: 2022-4-7 15:48

wzkchem5 发表于 2022-4-6 14:47
如果算不动，两边的基团可以用xTB描述。S-S键附近的结构优化必须至少用B3LYP/def2-SV(P)，不能再低了

老师好，还想请问下，Xtb与gaussian联用如何定义哪些原子用xtb哪些用b3lyp/def2-SVP?

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-4-7 16:49

nianbin 发表于 2022-4-7 08:48
老师好，还想请问下，Xtb与gaussian联用如何定义哪些原子用xtb哪些用b3lyp/def2-SVP?

如果用高斯的话，得用ONIOM来做，外层用xtb，内层用DFT。如果现有的高斯/xtb接口没办法这么算，外层也可以用PM7，但结果准确度会差一些

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