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标题: 求助：gromacs计算蛋白质体系rdf问题 [打印本页]

作者
Author: wwl 时间: 2022-4-9 10:14
标题: 求助：gromacs计算蛋白质体系rdf问题
各位老师好，（1）我在使用gromacs的rdf命令surf选项，计算蛋白质分子周围的径向分布函数时，得到的径向函数图是并不收敛为1，而是六十多。我原想是不是要除以被计算径向分布函数的那个分子的数目，但是又不对，因为径向分函数除以这个分子的数目（三百多）以后，也并不是收敛为一的。请老师们教教我应该怎么处理这样的数据，应该除以哪个参数？（2）我设想的将rdf最后一百个数据加和平均，然后多统计几组rdf的数据，同样的加和平均，最后看看有没有什么规律，或者是直接将这些值统一平均一下，是否就能得到这个参数的大概值。
以上都是我个人的异想天开，还请各位老师指点一二，不胜感激！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-9 11:25
说清楚被统计的组是什么
如果是溶剂水，我不认为这种统计有什么实际意义

作者
Author: wwl 时间: 2022-4-9 11:39

sobereva 发表于 2022-4-9 11:25
说清楚被统计的组是什么
如果是溶剂水，我不认为这种统计有什么实际意义

您好sob老师，感谢您的回复。我统计的组是一些离子液体。目前我所知道的是surf不能直接使用归一化处理的选项。而这些要统计的组，他们末尾处的值并没有稳定在某一个比较稳定的值的范围之内，你也可以图上看到这些值是逐渐下降的，所以目前我个人认为简单的统计平均可能得到的值并不会有特别有意义的结果。若是对这些数据不处理，直接采用，用来观看离子液体分布变化，是否仍具有说服性？或者如我之前所述对这些最后一百个值进行简单的统计平均，会不会更有说服力一些？或者有没有别的办法可以解决这个问题，得到一个常规的，有说服力的径向分布函数？多谢您的指点！

作者
Author: Alpaca 时间: 2023-3-23 11:02
请问解决了吗？

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