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标题: 模拟IL和水这种二元混合物气液界面体系，为什么水分子不能跑到真空区，如何处理 [打印本页]

作者
Author: qiyan 时间: 2022-4-9 13:37
标题: 模拟IL和水这种二元混合物气液界面体系，为什么水分子不能跑到真空区，如何处理
模拟了IL和水二元混合物体系，想研究相平衡和界面的性质。
通过预平衡后，为什么用gmx editconf -f npt1.gro -o nptslab.gro -box 5 5 25 -center 2.5 2.5 12.5这种拉盒子后，再373.15K下跑了15000ps的NVT后水分子仍然不会跑到气相区，怎么才能让水分子跑到气相区呢，不然统计z方向的密度，气相的密度不是一直都会是0吗？然后我想算逸度需要知道气相的体积。。。。。怎末获得呢？求各位大神帮助

作者
Author: qiyan 时间: 2022-4-9 14:19
我是要限制IL，然后不限制水分子吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-11 03:06
即便没到沸点，模拟过程中水也会多多少少有一些跑到真空区
各种水模型计算的沸点都有误差，只不过是大小的程度，如果当前水模型高估了沸点，你用100摄氏度模拟，也不会明显看到水大量跑到真空区。

作者
Author: qiyan 时间: 2022-4-11 09:39

sobereva 发表于 2022-4-11 03:06
即便没到沸点，模拟过程中水也会多多少少有一些跑到真空区
各种水模型计算的沸点都有误差，只不过是大小的 ...

感谢老师回答，我的是水分子用的是SPCE，IL用的GAFF，但是一个水分子都没有跑到真空，麻烦老师有时间帮我看看是不是我的nvt.mdp有问题啊，谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-11 18:44

qiyan 发表于 2022-4-11 09:39
感谢老师回答，我的是水分子用的是SPCE，IL用的GAFF，但是一个水分子都没有跑到真空，麻烦老师有时间帮我 ...

带真空区的情况不能用DispCorr = EnerPres
把ref_t设得更高

作者
Author: qiyan 时间: 2022-4-13 09:19
本帖最后由 qiyan 于 2022-4-13 09:53 编辑

sobereva 发表于 2022-4-11 18:44
带真空区的情况不能用DispCorr = EnerPres
把ref_t设得更高

非常感谢sob老师的回复，昨天修改后并在400.15K跑完的体系如下，只有一个水分子跑到了真空区。我想问一下老师，这时我获得沿z轴的密度图时，只有有水分子那里有密度，是默认现在整个真空区的密度都是那个点的密度嘛？那我的获得的气相体积默认为是整个真空区的体积嘛？还是有气相区水分子的位置到界面位置的体积啊？还有我想研究一下气液相平衡，我怎么可以让体系在低温低压下水分子汽化呢？预平衡的npt改变压力，slab拉伸之后不是压力又变了嘛。期待老师的回复

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-13 17:42

qiyan 发表于 2022-4-13 09:19
非常感谢sob老师的回复，昨天修改后并在400.15K跑完的体系如下，只有一个水分子跑到了真空区。我想问一下 ...

温度不够高本来就没法显著气化，离子液体与水之间的相互作用可能导致水比纯水更难气化
当前情况气相体积就是真空区体积

作者
Author: qiyan 时间: 2022-4-13 19:23
本帖最后由 qiyan 于 2022-4-16 11:32 编辑

sobereva 发表于 2022-4-13 17:42
温度不够高本来就没法显著气化，离子液体与水之间的相互作用可能导致水比纯水更难气化
当前情况气相体积 ...

非常感谢老师回答，老师我尝试了400.15k-473.15K的温度，为什么仍然只有一个水分子在气相区啊，这样的结果有意义嘛，是做错了嘛。

作者
Author: qiyan 时间: 2022-4-16 12:32

sobereva 发表于 2022-4-13 17:42
温度不够高本来就没法显著气化，离子液体与水之间的相互作用可能导致水比纯水更难气化
当前情况气相体积 ...

老师看了您写的怎么判断体系达到平衡的帖子里水分子蒸发汽化的模拟，为什么气相区有那么多水分子啊，我做了375.15k-473.15k还都只有一个水分子在气相区，这是为什么呢（是5000ps时间太少了嘛），希望老师有时间可以指导一下学生，谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-17 03:13

qiyan 发表于 2022-4-16 12:32
老师看了您写的怎么判断体系达到平衡的帖子里水分子蒸发汽化的模拟，为什么气相区有那么多水分子啊，我做 ...

继续提升温度再看
也可以尝试先模拟少量离子液体+大量水的情况
为了确认模拟设置得当，也最好先模拟一个纯水沸腾过程

作者
Author: qiyan 时间: 2022-4-17 11:41

sobereva 发表于 2022-4-17 03:13
继续提升温度再看
也可以尝试先模拟少量离子液体+大量水的情况
为了确认模拟设置得当，也最好先模拟一 ...

非常老师的回复，我会去尝试一下的

作者
Author: qiyan 时间: 2022-4-27 08:56

sobereva 发表于 2022-4-17 03:13
继续提升温度再看
也可以尝试先模拟少量离子液体+大量水的情况
为了确认模拟设置得当，也最好先模拟一 ...

sob老师，请问一下，我如何能让体系在NVT下得到体系各种温度下汽化压力啊。例如纯水在308.18K下的蒸汽压为5.638kpa，那再MD中nvt下这个温度下水分子也不会汽化啊，我该怎么处理呢，希望老师有时间可以回答一下，感谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-28 05:09

qiyan 发表于 2022-4-27 08:56
sob老师，请问一下，我如何能让体系在NVT下得到体系各种温度下汽化压力啊。例如纯水在308.18K下的蒸汽压 ...

气体区域密度相对于液体极低。用极大的盒子模拟，真空区气体总分子数才显得比较明显

作者
Author: qiyan 时间: 2022-4-28 16:04

sobereva 发表于 2022-4-28 05:09
气体区域密度相对于液体极低。用极大的盒子模拟，真空区气体总分子数才显得比较明显

感谢sob老师的回复.就是我想获得水各种温度下的汽化压力和NIST对比，来看一下我设置的模拟误差有多大。像NIST里278.12K的蒸汽压为0.87kpa，那我做nvtslab这个温度下，体系也不会汽化啊，我获得的真空压力可以和NIST对比嘛

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-29 08:44

qiyan 发表于 2022-4-28 16:04
感谢sob老师的回复.就是我想获得水各种温度下的汽化压力和NIST对比，来看一下我设置的模拟误差有多大。像 ...

你先搜搜文献看别人蒸气压怎么模拟的

作者
Author: qiyan 时间: 2022-4-29 09:12

sobereva 发表于 2022-4-29 08:44
你先搜搜文献看别人蒸气压怎么模拟的

感谢老师回复，我看了一些文献，说计算获得体系的Pzz就是蒸汽压。我的疑问是，没有汽化的时候，真空区没有水分子的话，Pzz也能代表蒸汽压嘛

作者
Author: bobosiji 时间: 2022-5-1 20:51

qiyan 发表于 2022-4-29 09:12
感谢老师回复，我看了一些文献，说计算获得体系的Pzz就是蒸汽压。我的疑问是，没有汽化的时候，真空区没 ...

"真空区没有水分子的话": 你算过密度分布，是严格为零么？还是随便看了几帧snapshot，没看到？

作者
Author: qiyan 时间: 2022-5-2 09:36
本帖最后由 qiyan 于 2022-5-3 08:25 编辑

bobosiji 发表于 2022-5-1 20:51
"真空区没有水分子的话": 你算过密度分布，是严格为零么？还是随便看了几帧snapshot，没看到？

感谢老师的回答，是的，在不产生汽化的情况下z轴密度分布在真空区是严格为0的。如果汽化就不为0了。老师您能解答一下，像我做离子液体和水体系，正常400k大概0.8bar达到气液相平衡，那我做slab后nvt模拟400K，体系是不会汽化的，z轴的气相区密度为0，这时的Pzz可以代表蒸汽压嘛。或者我该怎么处理让他汽化呢（sob老师说提高温度才会汽化，但是我想要400K下的蒸汽压），希望老师可以解答一下

作者
Author: qiyan 时间: 2022-5-3 17:40
本帖最后由 qiyan 于 2022-5-3 17:42 编辑

sobereva 发表于 2022-4-29 08:44
你先搜搜文献看别人蒸气压怎么模拟的

十分不好意思再次打扰老师，老师我想获得像这种图片上温度的蒸汽压，但是通过模拟我发现slab后这个温度下我做的IL和水根本不会汽化，而实验是降压降到很低产生汽化得到蒸汽压，那我想问一下老师，我这种slab后nvt不能改变压力啊，他就不会汽化，那真空区的Pzz能代表气相压力吗，不能我该怎么处理呢，希望老师有时间回答一下，非常感谢老师

作者
Author: bobosiji 时间: 2022-5-12 20:46

qiyan 发表于 2022-5-2 09:36
感谢老师的回答，是的，在不产生汽化的情况下z轴密度分布在真空区是严格为0的。如果汽化就不为0了。老师 ...

我知道有用gibbs ensemble MC模拟蒸汽压的，没见过跑md模拟的。。。

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