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标题: 求助：结构优化时出现N和Br原子重叠 [打印本页]

作者
Author: Xian 时间: 2022-4-9 19:38
标题: 求助：结构优化时出现N和Br原子重叠
请教一下各位前辈，我用一下参数优化构型的时候，在真空中或者是用隐性溶剂模型，发现结构完全乱掉，如附件中的图所示， N-Br的初始距离放到3埃，也还是会重叠。
我也换了不同的泛函，结果也都是一样。请问这是什么原因呢？还是说得考虑显示溶剂模型？谢谢。

#p opt freq scale=0.976 CAM-B3LYP/gen scrf(IEFPCM,solvent=h2o)
电荷0，自旋多重度1
C N H
6-31G*
****
Br
LANL2dz
****

作者
Author: 牧生 时间: 2022-4-9 19:53
这个结构是不是先用MS画的？

作者
Author: 终_焉 时间: 2022-4-9 20:06
参考http://sobereva.com/60 第六部分
你指定了赝势基组，但没有指定赝势。

作者
Author: Xian 时间: 2022-4-9 21:04

牧生发表于 2022-4-9 19:53
这个结构是不是先用MS画的？

我用chemdraw画的分子，然后优化
随后再加一个Br

作者
Author: Xian 时间: 2022-4-9 21:05

终_焉发表于 2022-4-9 20:06
参考http://sobereva.com/60 第六部分
你指定了赝势基组，但没有指定赝势。

啊，我真是糊涂，我去加上。非常感谢

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-11 03:31
另外，当前优化级别很不得当。

CAM-B3LYP根本不是算一般体系基态问题该用的泛函。不算激发态没事甭用CAM-B3LYP。当前问题用B3LYP-D3(BJ)更便宜还更好。

对Br甭用过时的lanl2DZ，连d极化都没有。该用什么看
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373（http://bbs.keinsci.com/thread-5625-1-1.html）

作者
Author: Xian 时间: 2022-4-11 19:47

sobereva 发表于 2022-4-11 03:31
另外，当前优化级别很不得当。

CAM-B3LYP根本不是算一般体系基态问题该用的泛函。不算激发态没事甭用CAM ...

非常感谢Sob老师，我之前看了老师的帖子，去BSE网站没有找到Lanl2TZ，也没有Lanl2TZ(f)，所以就用了Lanl2DZ。请问一下，去哪里可以找到这个基组呢？谢谢。

作者
Author: ionexchangeC 时间: 2022-4-11 21:03

Xian 发表于 2022-4-11 19:47
非常感谢Sob老师，我之前看了老师的帖子，去BSE网站没有找到Lanl2TZ，也没有Lanl2TZ(f)，所以就用了Lanl2 ...

LANL2TZ和LANL2TZ(f)对Br并没有定义。
去Basissetexchange网站上下载lanl08(d)这个基组，它对Br有定义。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-12 00:09

Xian 发表于 2022-4-11 19:47
非常感谢Sob老师，我之前看了老师的帖子，去BSE网站没有找到Lanl2TZ，也没有Lanl2TZ(f)，所以就用了Lanl2 ...

对于溴阴离子，对于opt freq目的，可以用ma-SVP或6-31+G*，更好点可以用6-311+G*。
lan08(d)对于Br本身不错，但对于阴离子，不带弥散函数稍微差点意思

作者
Author: Xian 时间: 2022-4-30 14:49

sobereva 发表于 2022-4-12 00:09
对于溴阴离子，对于opt freq目的，可以用ma-SVP或6-31+G*，更好点可以用6-311+G*。
lan08(d)对于Br本身 ...

谢谢老师，这两天正好有空，我去测试一下

作者
Author: Xian 时间: 2022-6-3 13:16

sobereva 发表于 2022-4-12 00:09
对于溴阴离子，对于opt freq目的，可以用ma-SVP或6-31+G*，更好点可以用6-311+G*。
lan08(d)对于Br本身 ...

Sob老师，针对含有Sn和Br还有有机阳离子的杂化钙钛矿进行形成焓计算时，根据您之前的建议，对于opt freq目的，我用的B3LYP结合GD3BJ校正，基组H,C,N,Br用的是6-311G*，而Sn则用的是LANL2DZdp赝势。对于sp，我用了B2PLYP结合GD3BJ校正，基组就选择def2TZVP，所有计算都考虑了隐形水溶剂效应。原子不多的时候，程序能够正常运行，当体系变大时（88个原子），计算sp的时候就出现以下错误：
**** Warning!!: The largest alpha MO coefficient is 0.45581196D+02
我在网上查找了下原因，有人提到可能的原因：It means coefficients are too large due to a basis set that is too linearly dependent (for example, due to diffuse functions).
然后我就换成def2SVPD去计算sp，但是又遇到Excessive mixing of frozen core and valence orbitals这样的错误。所以想请教一下，是否可以按照站内帖子提到的“最简单的解决方法是在理论方法的关键词中加入(Full)选项，如做MP2计算出问题时对应用MP2(Full)代替、做CCSD(T)时用CCSD(T,full)代替，使程序不使用冻芯近似。”的方法，进行冻芯处理。另外一个选择，就是算sp时，H,C,N还用6-311G*，而Br和Sn用def2TZVP，不知道这样是否合理。期待老师的回复，谢谢。

作者
Author: ionexchangeC 时间: 2022-6-3 14:24

Xian 发表于 2022-6-3 13:16
Sob老师，针对含有Sn和Br还有有机阳离子的杂化钙钛矿进行形成焓计算时，根据您之前的建议，对于opt freq ...

这只是一个警告，如果之后没有报错又确认结果合理，大可以无视，因为Gaussian给的标准实在是太严格了。印象里我做频率计算、后HF、TDDFT的时候，不出这个警告的次数掰着手指头都能数的过来。如果是出现那行字后程序停在那里很久不动，是程序还在做计算。如果算着吃力就用ORCA算RI-双杂化或者DLPNO-双杂化（具体哪个快不好说），88个原子硬刚还是挺吃力的。不要尝试把基组降到6-311G*甚至def2SVP级别，那还不如不要用双杂化。

作者
Author: Xian 时间: 2022-6-3 14:32

ionexchangeC 发表于 2022-6-3 14:24
这只是一个警告，如果之后没有报错又确认结果合理，大可以无视，因为Gaussian给的标准实在是太严格了。印 ...

是已经卡在那里不动了，然后程序就跳出来结束了。我去看看ORCA，谢谢你的建议哦。

作者
Author: Xian 时间: 2022-6-3 14:43

ionexchangeC 发表于 2022-6-3 14:24
这只是一个警告，如果之后没有报错又确认结果合理，大可以无视，因为Gaussian给的标准实在是太严格了。印 ...

我把CHN用6-311G*，然后Br和Sn用def2TZVP，这样程序就可以顺利算完。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-4 06:10

Xian 发表于 2022-6-3 14:32
是已经卡在那里不动了，然后程序就跳出来结束了。我去看看ORCA，谢谢你的建议哦。

“**** Warning!!: The largest alpha MO coefficient is ”跟程序异常结束没有丝毫直接联系
不要拿能否算完来说事，搞清楚原理
Excessive mixing of frozen core and valence orbitals不冻核就能解决
def2SVPD不是给一般性的计算用的，必须带弥散时应当用ma-def2-SVP而不建议用这个。
双杂化计算最起码def2-TZVP起步，2-zeta根本没法用，6-311G*不带f极化用于双杂化也太low
认真一个字一个字把此文看了
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336（http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html）

作者
Author: Xian 时间: 2022-6-8 12:44

sobereva 发表于 2022-6-4 06:10
“**** Warning!!: The largest alpha MO coefficient is ”跟程序异常结束没有丝毫直接联系
不要拿能 ...

谢谢老师的回复，我再仔细多读几遍。

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