计算化学公社

标题: 处理轨迹后基底在盒子外面 [打印本页]

作者
Author: XYwinne 时间: 2016-3-19 12:37
标题: 处理轨迹后基底在盒子外面

trjconv

_mpi

-f md80.gro -o md80.pdb -s md80.tpr -pbc mol -ur compact
处理轨迹后基底在盒子外面

我的com_grps = system，不知道是不是质心移除的问题？有什么办法能让体系正常显示？

作者
Author: greatzdk 时间: 2016-3-20 22:26
trjconv_mpi -f md80.gro -o md80.pdb -s md80.tpr -pbc mol -ur compact -center
试试

作者
Author: XYwinne 时间: 2016-3-21 19:01
本帖最后由 XYwinne 于 2016-3-21 19:03 编辑

greatzdk 发表于 2016-3-20 22:26
trjconv_mpi -f md80.gro -o md80.pdb -s md80.tpr -pbc mol -ur compact -center
试试

不行，还是有问题。

作者
Author: greatzdk 时间: 2016-3-21 20:06
-pbc nojump -center

作者
Author: XYwinne 时间: 2016-3-23 15:45

greatzdk 发表于 2016-3-21 20:06
-pbc nojump -center

不行，感觉不像是能通过轨迹处理得到正常的盒子，有没有可能是设置质心移除(comm_mode)和参考坐标(refcoord_scaling)的问题？

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)