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标题: 求助：gmx中途断掉的情况下怎么算mean squared displacement？ [打印本页]

作者
Author: FrancisLi 时间: 2022-4-10 05:23
标题: 求助：gmx中途断掉的情况下怎么算mean squared displacement？
各位老师好！我跑了一段比较长的gmx模拟，想算一下msd，但是它中途断掉了，我就试着mdrun -cpi *.cpt 续着跑，但是跑完之后发现msd出来的xvg文件有问题，msd中间突然下降了。所以想问一下

出现这种情况是什么原因？
为了避免这种问题应该怎么操作？是不是在续跑的时候需要其他参数，或者gmx续跑都不能给出对的msd只能重新跑？
为了跑的快一些，我把time step调的尽可能大，但是经常会出现跑到一半报错中断的情况，请问是否有方法避免（除了调小dt）？

感谢各位老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-11 03:51
1 你先肉眼看轨迹，看整条轨迹在续跑的地方前后是否连续
2 “gmx续跑都不能给出对的msd只能重新跑” 没这回事
3 步长当然不能随意设大，这是基本常识。怎么才能稳妥地用更大步长取决于具体体系和问题，诸如虚拟点、GROMACS 2021开始支持的multiple timing-stepping方法等等。

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