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标题: 求助如何计算不同区域的MSD [打印本页]

作者
Author: hymn 时间: 2022-4-10 17:12
标题: 求助如何计算不同区域的MSD
请问如何计算不同区域的MSD，gromacs可以实现模型区域的划分吗？文献中计算了外部，中部，内部三个区域水分子的MSD

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-11 04:01
gmx msd直接用的话，顶多是设置索引文件，在里面定义不同的组对应不同的区域，并假定三个组里的水在模拟过程中始终呆在原本的区域里（当然实际肯定会不符，程度看情况）。
严格地计算只能自己写脚本，对每帧都实际判断各个区域里的水

作者
Author: hymn 时间: 2022-4-11 09:35

sobereva 发表于 2022-4-11 04:01
gmx msd直接用的话，顶多是设置索引文件，在里面定义不同的组对应不同的区域，并假定三个组里的水在模拟过 ...

好的谢谢

作者
Author: qieziZZZ 时间: 2023-8-16 10:05
您好，老师！请问计算不同区域MSD实现了吗？

作者
Author: chieko 时间: 2023-11-3 09:49
请问下这是哪一篇文献呀？谢谢！

作者
Author: hymn 时间: 2023-11-14 21:20

chieko 发表于 2023-11-3 09:49
请问下这是哪一篇文献呀？谢谢！

https://doi.org/10.1039/C9CP03798E

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