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标题: ORCA优化簇模型中产生的一些困惑 [打印本页]

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Author: 溪临昭煌 时间: 2022-4-10 18:01
标题: ORCA优化簇模型中产生的一些困惑
各位老师好，我希望借助ORCA软件使用簇模型计算一种酶的催化机理，因此进行了如下操作
1.获取底物与周围氨基酸（下面简称底物簇），产物与周围氨基酸的结构文件（下面简称产物簇）（两种簇中的元素只有C,N,O,H）
2.优化底物簇和产物簇
3.基于两个优化后的模型计算过渡态
由于之前在论坛中看到讨论，ORCA的收敛比高斯慢，而且簇中存在氢键等弱相互作用，因此想请教以下问题：
1.泛函应选择M062X还是B3LYP？
2.能否在OPT过程中使用looseopt关键词？
3.opt后是否需要计算频率？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-4-10 19:16
本帖最后由 wzkchem5 于 2022-4-10 12:17 编辑

首先，我不知道你说的是SCF收敛还是结构优化收敛，但不管是哪个意思，orca收敛比高斯慢不是普适规律，只对某些特定体系成立，而且只适用于5.0.0以前的版本。从5.0.0版开始orca支持TRAH方法，而且格点也加大了，减少了数值噪音，所以现在orca的scf和结构优化收敛速度都比以前要快得多。建议去检查一下你看到“ORCA的收敛比高斯慢”这个结论的发帖时间，如果早于5.0.0版的推出时间（去年7月），或者发帖者用的不是5.0.0版及以后版本的orca，那就不要信。
1. 都可以，但是如果用B3LYP，必须加色散校正，M062X可加可不加
2. 初步探索反应途径可以，但是最后报道的结果必须是基于不加looseopt的计算
3. 必须计算频率

作者
Author: 溪临昭煌 时间: 2022-4-10 21:57

wzkchem5 发表于 2022-4-10 19:16
首先，我不知道你说的是SCF收敛还是结构优化收敛，但不管是哪个意思，orca收敛比高斯慢不是普适规律，只对 ...

谢谢老师的耐心回复，学生受教很多。仔细看了一下关于收敛速度的讨论时间，确实是在很久之前（2015年）（http://bbs.keinsci.com/thread-569-1-1.html）

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-11 04:05
优化最好用B3LYP-D3(BJ)，用M06-2X速度更慢而且数值噪音大，收敛往往更难，出虚频的概率往往更大。
算单点能的时候哪个都不要用，wB97M-V或者PWPB95-D3(BJ)是更好的选择，追求精度时还可以考虑DLPNO-CCSD(T)

looseopt只适合拿低级别预优化，或者只是得到肉眼上看上去合理的结构。looseopt收敛精度太糙，不仅会导致之后算能量误差大，之后做振动分析还容易出虚频。

作者
Author: 溪临昭煌 时间: 2022-4-11 20:09

sobereva 发表于 2022-4-11 04:05
优化最好用B3LYP-D3(BJ)，用M06-2X速度更慢而且数值噪音大，收敛往往更难，出虚频的概率往往更大。
算单点 ...

明白了，谢谢sob老师的耐心指导

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Author: ionexchangeC 时间: 2022-4-11 21:20
本帖最后由 ionexchangeC 于 2022-4-11 21:23 编辑

想初步探究结构的话，我觉得可以试试xTB、PM7这样的半经验方法，比起LooseOpt更省时间。

作者
Author: 溪临昭煌 时间: 2022-4-12 09:47

ionexchangeC 发表于 2022-4-11 21:20
想初步探究结构的话，我觉得可以试试xTB、PM7这样的半经验方法，比起LooseOpt更省时间。

之前尝试了半经验方法，结果发现优化后的分子以一种不可能的方式开环了，所以就弃用了

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