计算化学公社

标题: 找完过渡态跑IRC，曲线方向反了 [打印本页]

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Author: xiaobai1 时间: 2022-4-10 20:53
标题: 找完过渡态跑IRC，曲线方向反了
请问在找完过渡态去跑IRC的时候发现方向反了，forward方向是断键、远离的方向，reverse的方向成键，这种情况过渡态可以用吗？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-4-10 21:17
本帖最后由 zjxitcc 于 2022-4-10 21:19 编辑

IRC方向的forward和reverse（客观事实），与反应方向（主观看法）无关，可以相同也可以相反，都是同一个过渡态。反应方向乃是研究者主观看法，明天出来个小明同学，他研究你研究的反应的逆反应，那对小明同学来讲，他就看到跟你相反的过程，但你们找到的是同一个过渡态。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-4-10 21:26
可以用，因为理论上可以证明正反应和逆反应的IRC严格一致，只是帧的编号顺序相反而已

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-11 04:08
这里说了
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400（http://bbs.keinsci.com/thread-7736-1-1.html）

如果明确指定IRC跑的方向，可以用phase关键词

作者
Author: xiaobai1 时间: 2022-4-11 08:03

wzkchem5 发表于 2022-4-10 21:26
可以用，因为理论上可以证明正反应和逆反应的IRC严格一致，只是帧的编号顺序相反而已

谢谢，明白了

作者
Author: xiaobai1 时间: 2022-4-11 08:06

sobereva 发表于 2022-4-11 04:08
这里说了
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400（http://bbs.keinsci.com/threa ...

谢谢sob老师，明白了；
sob老师，我的IRC曲线趋势是对的，但是产物方向并没有成键（只有个别几帧显示成键了），我可以人为把化学键建立起来直接去结构优化当作是我的产物吗

作者
Author: chands 时间: 2022-4-11 08:35
本帖最后由 chands 于 2022-4-11 08:37 编辑

xiaobai1 发表于 2022-4-11 08:06
谢谢sob老师，明白了；
sob老师，我的IRC曲线趋势是对的，但是产物方向并没有成键（只有个别几帧显示成 ...

如果产物的坐标是对的，只是有几个键没有显示出来，这就没问题，Gaussview有自己的判断成键标准，有时与实际情况不一致。谈谈原子间是否成键的判断问题 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)

作者
Author: xiaobai1 时间: 2022-4-11 10:31

chands 发表于 2022-4-11 08:35
如果产物的坐标是对的，只是有几个键没有显示出来，这就没问题，Gaussview有自己的判断成键标准，有时与 ...

那请问我是要用文中所提的几个表征方法去验证它成键了，如果成键了我再拿IRC中能量稳定的一点去做结构优化吗？我可不可以直接把成键原子拉到一个合适的距离并加上键，然后去做结构优化呢

作者
Author: chands 时间: 2022-4-11 10:39

xiaobai1 发表于 2022-4-11 10:31
那请问我是要用文中所提的几个表征方法去验证它成键了，如果成键了我再拿IRC中能量稳定的一点去做结构优 ...

我的理解是，首先判断一下IRC的最后一帧（或第一帧）是不是（或者接近）你想要的产物，如果不是，那就是IRC跑到别的路径去了，如果是或者接近，再做优化不迟。IRC最后一帧（或第一帧）不一定是稳定的结构，因为IRC的每一步都是按既定步长走的，不太可能恰好走到稳定的结构，但是如果IRC正确，最后一帧（或第一帧）应该非常接近产物的结构。

作者
Author: xiaobai1 时间: 2022-4-11 13:39

chands 发表于 2022-4-11 10:39
我的理解是，首先判断一下IRC的最后一帧（或第一帧）是不是（或者接近）你想要的产物，如果不是，那就是I ...

我跑的IRC曲线趋势基本是对的，最后一帧也接近产物结构，我目前是拿其中一帧（未成键）将两个原子缩短了一点距离拉成键去做结构优化了，结果收敛，不知道这样能不能当作我的产物

作者
Author: chands 时间: 2022-4-11 14:25

xiaobai1 发表于 2022-4-11 13:39
我跑的IRC曲线趋势基本是对的，最后一帧也接近产物结构，我目前是拿其中一帧（未成键）将两个原子缩短了 ...

建议拿最后一帧去优化，当然不排除你这样去优化也得到相同的产物结构。

作者
Author: xiaobai1 时间: 2022-4-11 14:26

chands 发表于 2022-4-11 14:25
建议拿最后一帧去优化，当然不排除你这样去优化也得到相同的产物结构。

好的，谢谢你了

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