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标题: 求助关于含OH从水中解离的过渡态搜索 [打印本页]

作者
Author: xiaobai1 时间: 2022-4-11 18:37
标题: 求助关于含OH从水中解离的过渡态搜索
现在想做一个OH从水中解离出来然后去进攻阳离子基团，在gview中添加了水分子，并且OH和水分子间有氢键作用，结构优化是收敛的，而且结构也合理，如果想对这样的一个体系做一个过渡态的话应该怎么做呢？
我目前的做法是直接将OH从水分子中拉出来，拉到距我的阳离子的位置这样去做一个过渡态的搜索，目前过渡态是找到了，lrc跑了几个点，发现趋势也是对的
从我跑的irc曲线来看，forward方向就是成键方向，reverse方向就是OH在水分子中未解离的状态，不知道可不可以拿IRC两端的点作为我的产物和反应物，此外OH从水中解离出来可能会存在一个过渡态吗？

作者
Author: chands 时间: 2022-4-11 19:01
弱弱地问一句，你的OH是指OH-还是OH自由基？

作者
Author: xiaobai1 时间: 2022-4-11 19:18

chands 发表于 2022-4-11 19:01
弱弱地问一句，你的OH是指OH-还是OH自由基？

是OH-

作者
Author: chands 时间: 2022-4-11 19:31
按照你的意思，你似乎是想研究某个阳离子M+与水的反应：(M+) + H2O = (M+)(OH-) + (H+)，还是(M+)直接与（OH-）的反应？

作者
Author: xiaobai1 时间: 2022-4-11 20:03

chands 发表于 2022-4-11 19:31
按照你的意思，你似乎是想研究某个阳离子M+与水的反应：(M+) + H2O = (M+)(OH-) + (H+)，还是(M+)直接与（O ...

我是做一个-OH和阳离子的反应，但是想做成-OH从被水分子包围的环境中解离出来，然后再去进攻我的阳离子

作者
Author: chands 时间: 2022-4-11 20:16

xiaobai1 发表于 2022-4-11 20:03
我是做一个-OH和阳离子的反应，但是想做成-OH从被水分子包围的环境中解离出来，然后再去进攻我的阳离子

要用显式-隐式溶剂模型，即考虑(M+) + (OH-)(H2O)m = （M+)(OH-)(H2O)m的反应，再加上隐式溶剂模型。如果你的(M+)太小的话，要考虑(M+)(H2O)n + (OH-)(H2O)m = (M+)(OH-)(H2O)m+n的反应，再加上隐式溶剂模型。真空中(M+) + (OH-)的反应估计没有过渡态，但是在溶液中不一定，因为（OH-)和（M+)的溶解自由能很大（很负），生成电中性的（M+)(OH-)的溶解自由能可能很小。

作者
Author: xiaobai1 时间: 2022-4-11 20:58

chands 发表于 2022-4-11 20:16
要用显式-隐式溶剂模型，即考虑(M+) + (OH-)(H2O)m = （M+)(OH-)(H2O)m的反应，再加上隐式溶剂模型。如果 ...

对的，就是考虑这么个反应，我用了隐式溶剂模型，是一个-OH进攻吡啶阳离子的反应

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