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标题: 在能量最小化这一步，原子序号对应不上 [打印本页]

作者
Author: 五月雨 时间: 2022-4-11 19:54
标题: 在能量最小化这一步，原子序号对应不上
1、我是使用Packmol搭建的体系：1082个CO2、10个MEA，真空。利用Sobtop产生两个分子的拓扑文件，把两个[ atomtypes ]内容剪切到了自己写的box.top里：
#include "amber03.ff/forcefield.itp"
[ atomtypes ]
; name at.num    mass    charge ptype    sigma (nm) epsilon (kJ/mol)
CZ          6 12.010736 0.000000 A    3.399670E-01 3.598240E-01
NT          7 14.006703 0.000000 A    3.249999E-01 7.112800E-01

#include "CO2.itp"
#include "MEA.itp"

[ system ]
CO2+MEA

[ molecules ]
; Compound       #mols
CO2  1082
MEA  10
[ atomtypes ]下只有两种原子类型是因为我把已经在力场里定义过的删除了。
2、对这个体系进行能量最小化就一直报错：
WARNING 1 [file box.top, line 16]:
  The following macros were defined in the 'define' mdp field with the -D
  prefix, but were not used in the topology:
   FLEXIBLE
  If you haven't made a spelling error, either use the macro you defined,
  or don't define the macro

Warning: atom name 1 in box.top and box.gro does not match (C - C1)
Warning: atom name 2 in box.top and box.gro does not match (O - O2)
Warning: atom name 3 in box.top and box.gro does not match (O - O3)
Warning: atom name 4 in box.top and box.gro does not match (C - C4)
Warning: atom name 5 in box.top and box.gro does not match (O - O5)
Warning: atom name 6 in box.top and box.gro does not match (O - O6)
Warning: atom name 7 in box.top and box.gro does not match (C - C7)
Warning: atom name 8 in box.top and box.gro does not match (O - O8)
Warning: atom name 9 in box.top and box.gro does not match (O - O9)
Warning: atom name 10 in box.top and box.gro does not match (C - C10)
Warning: atom name 11 in box.top and box.gro does not match (O - O11)
Warning: atom name 12 in box.top and box.gro does not match (O - O12)
Warning: atom name 13 in box.top and box.gro does not match (C - C13)
Warning: atom name 14 in box.top and box.gro does not match (O - O14)
Warning: atom name 15 in box.top and box.gro does not match (O - O15)
Warning: atom name 16 in box.top and box.gro does not match (C - C16)
Warning: atom name 17 in box.top and box.gro does not match (O - O17)
Warning: atom name 18 in box.top and box.gro does not match (O - O18)
Warning: atom name 19 in box.top and box.gro does not match (C - C19)
Warning: atom name 20 in box.top and box.gro does not match (O - O20)
(more than 20 non-matching atom names)

WARNING 2 [file box.top, line 16]:
  3356 non-matching atom names
  atom names from box.top will be used
  atom names from box.gro will be ignored

ERROR 1 [file box.top, line 16]:
  ERROR: The cut-off length is longer than half the shortest box vector or
  longer than the smallest box diagonal element. Increase the box size or
  decrease rlist.

3、请问各位老师，前两个警告可不可以忽略，后一种错误解决方式是什么。
附上一些文件：[attach]47415[/attach][attach]47415[/attach]
力场文件我没有做任何修改。

作者
Author: 高处裹棉被 时间: 2022-4-11 21:49
从元素名称的关系来看可以对应上，可以结合VMD看实际原子顺序是否能对应上，都能对应应该就可以忽略警告。

而对于error我看了你的gro文件，最后一行是0，0，0，没有加box大小却用了pbc所以会报错。

作者
Author: 五月雨 时间: 2022-4-11 22:15

高处裹棉被发表于 2022-4-11 21:49
从元素名称的关系来看可以对应上，可以结合VMD看实际原子顺序是否能对应上，都能对应应该就可以忽略警告。
...

十分感谢老师的指导。请问我是不是需要在gro文件中加入盒子的大小呢

作者
Author: 高处裹棉被 时间: 2022-4-11 22:59

五月雨发表于 2022-4-11 22:15
十分感谢老师的指导。请问我是不是需要在gro文件中加入盒子的大小呢

可以手动加，你用packmol的时候已经设置过一次盒子大小了吧

作者
Author: 五月雨 时间: 2022-4-11 23:18

高处裹棉被发表于 2022-4-11 22:59
可以手动加，你用packmol的时候已经设置过一次盒子大小了吧

对，已经设置了，10nm

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