计算化学公社

标题: 氨基酸肽链建模 [打印本页]

作者
Author: wenhuidou 时间: 2016-3-20 21:34
标题: 氨基酸肽链建模
麻烦问一下用VMD建一条十几个氨基酸的肽链可以吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-3-20 22:11
VMD一般不用来做这个事情，除非你有很好用的插件能用
肽链构建工具很多，比如ProBuilder就不错http://nova.colombo58.unimi.it/probuilder.htm

作者
Author: ruanyang 时间: 2016-3-21 08:05
或则使用Avogadro中的build/Insert/Peptide

作者
Author: wenhuidou 时间: 2016-3-22 09:59
再请教一下这样建的模型其二级结构如何构建！

作者
Author: greatzdk 时间: 2016-3-22 10:19

wenhuidou 发表于 2016-3-22 09:59
再请教一下这样建的模型其二级结构如何构建！

这个应该和你的研究方向相关，通常来讲，十几个氨基酸的肽链应该没有十分固定的二级结构。
具体怎么操作，你就调节phi和psi就好了。当然你也可以弄成某种二级结构。

作者
Author: wenhuidou 时间: 2016-3-22 10:24
谢谢您！

作者
Author: astrozheng 时间: 2016-4-4 22:42
可以有很多软件建模。
我知道的比如Pymol就简单易用。
如果为了获得特定的二级结构，可以在建模后，给不同的原子间加上一些NMR constraints（以Gromacs软件为例，可以在立场中直接加constraint）跑一小段MD simulation。最后的结构应该能够符合需求。

作者
Author: xiaoruoqiu 时间: 2016-4-25 13:00
FragBuilder
PeptideBuilder
CycloPs

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)