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标题: 利用ORCA5.0.1做钙离子及结合位点复合物的簇方法分析，一些疑问 [打印本页]

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Author: uenh1998 时间: 2022-4-12 21:11
标题: 利用ORCA5.0.1做钙离子及结合位点复合物的簇方法分析，一些疑问
老师们晚上好，这两天在用ORCA5.0.1做钙离子以及结合位点复合物的簇分析，参照社长博文 http://sobereva.com/597 对截断区加氢并固定，考虑溶剂效应，做几何优化。然而不管怎么调试，总是出现SCF不收敛的错误（如图）。想请问一下社长，一般利用ORCA做簇分析，泛函基组应该选用什么级别的，才尽可能避免SCF不收敛的问题，又或者我这个结构有没有什么不妥之处，请老师们查看一下（结构是PDB里摘出来的，氨基酸也考虑实际质子化加氢了，应该没有什么不妥之处），以及输入文件有没有其他改进的地方。困扰了好久了，请各位老师指点一下！十分感谢！
输入输出文件，结构，已上传。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-4-12 21:41
这不是SCF不收敛，而是OpenMPI报错。只有打印出很多行SCF能量结果，并且报错信息明确提到not converged之类字眼，才是SCF不收敛。
检查OpenMPI有没有安装对，并且按照https://orcaforum.kofo.mpg.de/viewtopic.php?f=9&t=7566这个帖子里的回帖的方法依次尝试，如果这个主题帖里提到的所有方法都不行，再来问

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-13 01:18
你的结构很奇怪，明显分成两瓣
对于优化来说计算级别倒是没什么问题。

作者
Author: uenh1998 时间: 2022-4-13 09:01

wzkchem5 发表于 2022-4-12 21:41
这不是SCF不收敛，而是OpenMPI报错。只有打印出很多行SCF能量结果，并且报错信息明确提到not converged之类 ...

谢谢老师，我试试

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Author: uenh1998 时间: 2022-4-13 09:04
本帖最后由 uenh1998 于 2022-4-13 09:05 编辑

sobereva 发表于 2022-4-13 01:18
你的结构很奇怪，明显分成两瓣
对于优化来说计算级别倒是没什么问题。

我研究的是这样的结构，所以取簇的时候，才看起来是两瓣。

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Author: sobereva 时间: 2022-4-13 14:07

uenh1998 发表于 2022-4-13 09:04
我研究的是这样的结构，所以取簇的时候，才看起来是两瓣。

取两瓣完全没必要，两部分又没什么相互作用，拿两部分研究和拿一部分研究得到的信息不会有差别，后者还便宜得多

作者
Author: uenh1998 时间: 2022-4-13 15:03

sobereva 发表于 2022-4-13 14:07
取两瓣完全没必要，两部分又没什么相互作用，拿两部分研究和拿一部分研究得到的信息不会有差别，后者还便 ...

谢谢社长！取一瓣来研究，目前ORCA能跑起来了

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