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标题: 使用gaussian计算晶体结构中复杂氢键的方法求助 [打印本页]

作者
Author: UTM 时间: 2022-4-12 21:31
标题: 使用gaussian计算晶体结构中复杂氢键的方法求助
请问各位老师和同学，我想计算晶体结构中水分子与主体分子形成的氢键键能，但是水分子形成的氢键较多，且将单个主体分子与水分子拎出来优化的话会形成晶体结构中没有的氢键。但选择几个分子一起优化的话得到的结构和晶体结构完全不符，这种情况下该怎么得到氢键键能数据呢？（我的想法是能不能从晶胞中取出几个分子，然后将主体分子的重原子全部冻结，只优化主体分子的氢原子及水分子得到结构，然后通过BSSE或者BCP的方法得到氢键键能，这样误差会大吗？单个主体分子优化后的结构与SCXRD解出来的结构相差不大，优化后能量大概降低了0.28 a.u.。）

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-13 01:19
描述太抽象，直接给个结构图

作者
Author: UTM 时间: 2022-4-13 02:05

sobereva 发表于 2022-4-13 01:19
描述太抽象，直接给个结构图

结构图如下图：C:\Users\98572\Desktop\1.png
图中省略了氢原子，红色为水，分别与三个主体分子形成氢键，并与相邻的水分子也形成氢键。

作者
Author: indec 时间: 2022-4-13 02:31
只优化氢原子就行了。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-13 14:03
同上，只优化氢而冻结重原子
下文也说了这事
实验测定分子结构的方法以及将实验结构用于量子化学计算需要注意的问题
http://sobereva.com/569

作者
Author: UTM 时间: 2022-4-13 14:40

indec 发表于 2022-4-13 02:31
只优化氢原子就行了。

好的，谢谢回答。

作者
Author: UTM 时间: 2022-4-13 14:41

sobereva 发表于 2022-4-13 14:03
同上，只优化氢而冻结重原子
下文也说了这事
实验测定分子结构的方法以及将实验结构用于量子化学计算需要 ...

好的，谢谢sob老师。

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