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标题: 在gromacs盒子里加水之后，拓扑的盒子大小发生改变指定的溶液浓度还有意义么？ [打印本页]

作者
Author: GiNoooo 时间: 2022-4-14 16:03
标题: 在gromacs盒子里加水之后，拓扑的盒子大小发生改变指定的溶液浓度还有意义么？
各位老师，我想请教一个问题，我最近在算简单溶液体系的溶剂化结构，其中有一个的溶剂是有机+水，另一个是只有有机溶剂。
因为分子比较多，我用packmol建模，（按照单位体积的溶剂分子和溶质分子的个数比）然后在gromacs里面加水。
然后我发现经过加水后的.gro文件中的最后一行由原来的60*60*60变成了6.3*6.3*6.3，而未加水的那个则是一直保持在60*60*60的状况下，这也导致在后面能量最小化的计算过程中，纯有机溶剂体系的自动产生的傅立叶盒子的大小是560*560*560，计算速度极慢。

因此我有以下的几个问题需要咨询：
1.因为我是算指定浓度的溶液的溶剂化结构，但是拓扑结构发生改变是否意味着这个浓度已经不对了呢？
2.如果浓度没有问题，请问在纯有机体系里面如何做到和加水的体系保持一致?（即缩小体积）主要是计算速率实在是太慢了....
3.如果浓度是有问题的，要怎么解决这个问题呢？

谢谢大家

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-15 04:28
gmx solvate只会在盒子空白处加水，不可能改变gro文件最后记录的盒子信息

作者
Author: GiNoooo 时间: 2022-4-15 22:23

sobereva 发表于 2022-4-15 04:28
gmx solvate只会在盒子空白处加水，不可能改变gro文件最后记录的盒子信息

好的老师，我检查了一下是命令引入gro文件不对，现在已经更正了。

我发现在NPT之后，也依然存在从60*60*60一下子被压缩成了6*6*6这种状况。
; Pressure coupling
pcoupl    = Parrinello-Rahman          ; pressure coupling is on for NPT
pcoupltype  = isotropic                   ; uniform scaling of box vectors
tau_p    = 2.0                         ; time constant, in ps
ref_p    = 1.0                         ; reference pressure, in bar
compressibility = 4.5e-5                   ; isothermal compressibility of water, bar^-1

我检查了NPT的文件并没有发现太多的异常，不知道是哪里有问题....
我的输入的分子是2700个溶剂分子+600多个溶质分子

作者
Author: GiNoooo 时间: 2022-4-15 22:29
title    = Protein-ligand complex NPT equilibration
;define    = -DPOSRES  ; position restrain the protein and ligand
; Run parameters
integrator  = md       ; leap-frog integrator
nsteps    = 50000    ; 2 * 50000 = 100 ps
dt       = 0.002    ; 2 fs
; Output control
nstxout    = 500    ; save coordinates every 1.0 ps
nstvout    = 500    ; save velocities every 1.0 ps
nstenergy = 500    ; save energies every 1.0 ps
nstlog    = 500    ; update log file every 1.0 ps
energygrps  = system
; Bond parameters
continuation = yes          ; first dynamics run
constraint_algorithm = lincs ; holonomic constraints
constraints    = all-bonds    ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained
lincs_iter    = 1          ; accuracy of LINCS
lincs_order    = 4          ; also related to accuracy
; Neighborsearching
cutoff-scheme = Verlet
ns_type       = grid    ; search neighboring grid cells
nstlist       = 10       ; 20 fs, largely irrelevant with Verlet
rcoulomb       = 1.4    ; short-range electrostatic cutoff (in nm)
rvdw          = 1.4    ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
; Electrostatics
coulombtype    = PME    ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics
pme_order    = 4       ; cubic interpolation
fourierspacing  = 0.16    ; grid spacing for FFT
; Temperature coupling
tcoupl    = V-rescale                   ; modified Berendsen thermostat
tc-grps    = water non-water ; two coupling groups - more accurate
tau_t    = 0.1 0.1                   ; time constant, in ps
ref_t    = 300 300                   ; reference temperature, one for each group, in K
; Pressure coupling
pcoupl    = Parrinello-Rahman          ; pressure coupling is on for NPT
pcoupltype  = isotropic                   ; uniform scaling of box vectors
tau_p    = 2.0                         ; time constant, in ps
ref_p    = 1.0                         ; reference pressure, in bar
compressibility = 4.5e-5                   ; isothermal compressibility of water, bar^-1
refcoord_scaling = com
; Periodic boundary conditions
pbc       = xyz    ; 3-D PBC
; Dispersion correction
DispCorr = EnerPres  ; account for cut-off vdW scheme
; Velocity generation
gen_vel    = no       ; velocity generation off after NVT

完整的NPT的mdp

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-4-15 22:32
本帖最后由 Frozen-Penguin 于 2022-4-15 22:34 编辑

GiNoooo 发表于 2022-4-15 22:23
好的老师，我检查了一下是命令引入gro文件不对，现在已经更正了。

我发现在NPT之后，也依然存在从60*6 ...

PDB用的长度单位是埃，gromacs用的长度单位是纳米，单位没问题吧，60nm的盒子感觉太大了

作者
Author: GiNoooo 时间: 2022-4-15 22:35
本帖最后由 GiNoooo 于 2022-4-15 22:44 编辑

Frozen-Penguin 发表于 2022-4-15 22:32
PDB用的长度单位是埃，gromacs用的长度单位是纳米，单位没问题吧

我有分别对照几个生成的gro文件，第一个是从packmol生成的pdb，结果是60 60 60
然后我在gromacs 也生成了一个cubic gro文件结尾也是 60*60*60
接着我用做了能量最小化 gro 文件结尾也是60*60*60
同样NVT 60*60*60
在NPT之后变成 6*6*6

我大概明白你说的意思，但是如果单位不一致前面的gro文件为什么结尾60呢，除此之外我也在从gromacs生成盒子那一步仔细注意了一下是6nm*6nm*6nm的盒子...
你这么一说我有点迷茫了

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-16 02:46

GiNoooo 发表于 2022-4-15 22:23
好的老师，我检查了一下是命令引入gro文件不对，现在已经更正了。

我发现在NPT之后，也依然存在从60*6 ...

不可能从60^3一下压缩到6^3
不管怎么控压，也绝对不会瞬间令盒子变化这么大，要不然模拟早就崩溃了
在VMD里载入轨迹，把盒子显示出来，看盒子怎么变化的搞清楚是怎么回事

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