计算化学公社

标题: 求助：怎么计算每个水的氢键数目 [打印本页]

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Author: xjw 时间: 2022-4-14 16:46
标题: 求助：怎么计算每个水的氢键数目
本帖最后由 xjw 于 2022-4-15 08:08 编辑

各位老师好，我想计算纯水中每个水分子的氢键数目，我使用gmx hbond -f md-w.trr -s md.tpr -num hbond_num.xvg -life hbond_life.xvg -nhbdist perH_bondnum.xvg -b 40000 -e 50000命令得到了每个水中氢的氢键数目，请问该怎么由这个数据得到我想要的每个水的氢键数目啊。
还有就是我想问下perH_bondnum.xvg中这列数据分别表示什么意思啊？我本来想按sob老师在求助-算“每个水分子的氢键数的分布”的脚本 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社 (keinsci.com)这个帖子里面使用gmx analyze得到hbnum，然后用平均值计算每个水的氢键数目。但是算出来的值比老师算的低好多，如图二所示，老师的过程如图三。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-15 04:23
引用我的ppt的时候不得把顶端的北京科音的版权信息截掉！

(, 下载次数 Times of downloads: 29)

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-15 05:06
“得到了每个水中氢的氢键数目，请问该怎么由这个数据得到我想要的每个水的氢键数目啊”明显前后矛盾的

我的ppt里的hbnum.xvg是-num产生的，和-nhbdist是两码事

作者
Author: xjw 时间: 2022-4-15 08:06

sobereva 发表于 2022-4-15 05:06
“得到了每个水中氢的氢键数目，请问该怎么由这个数据得到我想要的每个水的氢键数目啊”明显前后矛盾的

...

知道了，谢谢老师

作者
Author: xjw 时间: 2022-4-15 08:06
本帖最后由 xjw 于 2022-4-15 08:08 编辑

sobereva 发表于 2022-4-15 04:23
引用我的ppt的时候不得把顶端的北京科音的版权信息截掉！

好的，是我疏忽了，已重新上传图片

作者
Author: xjw 时间: 2022-4-15 09:09

sobereva 发表于 2022-4-15 05:06
“得到了每个水中氢的氢键数目，请问该怎么由这个数据得到我想要的每个水的氢键数目啊”明显前后矛盾的

...

老师，我使用四点水模型（OPC）计算纯水的氢键，最后发现使用gmx hbond和vmd自带的氢键统计插件的结果由很大的差别（按老师您的参数设置的。3.5和43.1）请问这个为什么啊？
图一：gmx hbond的计算结果 (, 下载次数 Times of downloads: 40)
图二：vmd计算结果 (, 下载次数 Times of downloads: 37)
图三：vmd插件参数 (, 下载次数 Times of downloads: 36)

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-15 19:54

xjw 发表于 2022-4-15 09:09
老师，我使用四点水模型（OPC）计算纯水的氢键，最后发现使用gmx hbond和vmd自带的氢键统计插件的结果由 ...

你先看三点水模型时统计结果是否相同。说不定VMD判断氢键时也考虑了虚拟点
另外，VMD没法统计跨盒子氢键

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Author: xjw 时间: 2022-4-16 10:57

sobereva 发表于 2022-4-15 19:54
你先看三点水模型时统计结果是否相同。说不定VMD判断氢键时也考虑了虚拟点
另外，VMD没法统计跨盒子氢键

嗯嗯，三点水模型是正常的，应该是统计了虚拟点，这种情况是改用三点水模型嘛

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Author: sobereva 时间: 2022-4-17 03:09

xjw 发表于 2022-4-16 10:57
嗯嗯，三点水模型是正常的，应该是统计了虚拟点，这种情况是改用三点水模型嘛

VMD的选择语句里不选上虚拟点就完了

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Author: xjw 时间: 2022-4-17 08:39

sobereva 发表于 2022-4-17 03:09
VMD的选择语句里不选上虚拟点就完了

好的。谢谢老师

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