计算化学公社

标题: 关于三原子确定平面问题 [打印本页]

作者
Author: Jianggggg-rj 时间: 2022-4-14 18:12
标题: 关于三原子确定平面问题
在绘制ICSS图形时，发现图是歪的，参照老师的发帖步骤后发现并没有用，猜测可能是没有用三原子确定平面的原因，请问三原子确定平面是在cub文件输出之前吗？在Multiwfn里输入cub文件再调整用三原子确定平面发现不能旋转角度了

作者
Author: 乐平 时间: 2022-4-14 22:07
你可以试试 100 功能下面的 24 Obtain NICS_ZZ value for non-planar or tilted system

直接按回车，然后输入至少 3 个原子的编号，用来确定平面。

Multiwfn 会根据你输入的原子编号找平面，并输出平面的法向量，平面中心坐标，以及距离该平面上方和下方 1 Å 位置的坐标

然后你需要输入通过电子结构计算（比如 Gaussian16）得到磁屏蔽张量

更详细的说明可以看手册 3.100.24

另外，提一点小抱怨。Sob 老师的 Multiwfn 好用是好用，但是很多功能的序号似乎是没有归类，找起来不是那么方便……

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-15 04:18

乐平发表于 2022-4-14 22:07
你可以试试 100 功能下面的 24 Obtain NICS_ZZ value for non-planar or tilted system

直接按回车，然 ...

我不知道你说的是什么序号
诸如ICSS，就在主菜单的25 Electron delocalization and aromaticity analyses里面，没有什么难找的

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-15 04:20
用不着什么“猜测”，之前我的回帖就已经明确说了，只有用三个点或者三个原子定义作图平面才能用Multiwfn的设置旋转的功能。

好好把此文4.2节看了，搞清楚作图平面怎么定义
Multiwfn FAQ
http://sobereva.com/452

当前问题和输出cub文件有什么关系
明明是你先用Multiwfn载入ICSS功能产生的记录ICSS格点数据的cub文件，之后才可能通过插值方式得到平面图

主功能4里，不管是直接计算平面数据，还是通过内存里的格点数据插值产生作图平面的数据，对于你用三个点/原子定义作图平面的情况，在Multiwfn里设置平面的旋转/平移，操作上没有丝毫差别

如果你还搞不明白或不知道怎么描述清楚，把输入的全部命令全都贴出来

作者
Author: Jianggggg-rj 时间: 2022-4-15 09:08

sobereva 发表于 2022-4-15 04:20
用不着什么“猜测”，之前我的回帖就已经明确说了，只有用三个点或者三个原子定义作图平面才能用Multiwfn的 ...

谢谢老师回复，关于这个我已经弄好了，还有一个问题想请教您，在Multiwfn里输入ICSSZZ.cub文件定义绘制平面时，选项1和4定义的平面绘制的图形有什么不同吗？

作者
Author: Jianggggg-rj 时间: 2022-4-15 09:10

乐平发表于 2022-4-14 22:07
你可以试试 100 功能下面的 24 Obtain NICS_ZZ value for non-planar or tilted system

直接按回车，然 ...

感谢指教

作者
Author: 乐平 时间: 2022-4-15 16:41

sobereva 发表于 2022-4-14 22:18
我不知道你说的是什么序号
诸如ICSS，就在主菜单的25 Electron delocalization and aromaticity analyse ...

我说的是每个功能的排序，比如您说的主菜单里 25 是 Electron delocalization and aromaticity analyses

100 内又有 24 Obtain NICS_ZZ value for non-planar or tilted system

200 内又有 4 Generate iso-chemical shielding surfaces (ICSS) and related quantities

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-15 19:19

乐平发表于 2022-4-15 16:41
我说的是每个功能的排序，比如您说的主菜单里 25 是 Electron delocalization and aromaticity analyses
...

Obtain NICS_ZZ value for non-planar or tilted system就在主功能25里
所有芳香性和离域性分析都可以从主功能25进入

我如今把各种等芳香性分析功能都集合到了主功能25，因此条理变得非常清晰。然而倘若现在就从主功能100、主功能200里将那些已经归入主功能25的功能去掉，必定有一大堆还在看之前博文、帖子的用户来来回回问我怎么在主功能100/200里找不到相应选项。作为程序开发者必须为兼容性考虑。

如果所有用户都自觉及时更新Multiwfn，一切就都好办了。然而到现在还有人在用老掉牙的3.7甚至3.6版。

作者
Author: 乐平 时间: 2022-4-15 19:34

sobereva 发表于 2022-4-15 13:19
Obtain NICS_ZZ value for non-planar or tilted system就在主功能25里
所有芳香性和离域性分析都可以从 ...

了解您的良苦用心。

因为我每次都关注最新版的动态，所以会对上述提到的问题感到有些疑惑。

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