计算化学公社

标题: 请问速度自相关 velacc 求扩散如何分析以及帮忙判断是否正确 [打印本页]

作者
Author: 一条君 时间: 2022-4-14 23:13
标题: 请问速度自相关 velacc 求扩散如何分析以及帮忙判断是否正确
本帖最后由一条君于 2022-4-14 23:16 编辑

用gmx velacc以及analyze求的扩散系数与均方位移求得的有较大差别，请问gmx velacc 如何分析以及帮忙判断是否正确。谢谢~
———— msd    velacc（积分除以3）
样1       0.5       0.16
样2       0.1       0.16
（1）可以看出，有差别的体系速度自相关积分值都是0.5，进而求的扩散都是0.16，不知道哪里出问题了。
（2）是否是从Integral 1后面读取积分值; average，Gaussian distribition列是什么含义

Read 1 sets of 5001 points, dt = 1
Calculating the integral using the trapezium rule
Integral 1    0.50000  +/- 0.00000
                                                std. dev.          relative deviation of
                        standard    ---------          cumulants from those of
set    average    deviation    sqrt(n-1)          a Gaussian distribition
                                                                                    cum. 3 cum. 4
SS1 1.999680e-04 1.413953e-02 1.999631e-04    44.300 1665.230

下面是一些细节：
1.nvt设置：步长1fs，nstxout = 0；nstvout = 1000 （也设置过nstxout = 1000，结果好像没区别）
2.得到的vac.xvg文件以及作的图
再次感谢

作者
Author: 一条君 时间: 2022-4-27 22:24
@sobereva @wzkchem5 不知道老师是否了解，谢谢了

作者
Author: qiyan 时间: 2023-7-11 21:36

一条君发表于 2022-4-27 22:24
@sobereva @wzkchem5 不知道老师是否了解，谢谢了

您好，请问gmx velacc计算的到VACF怎么样处理得到扩散系数啊，对哪一段进行积分呢，为什么和msd的到的扩散系数差别很大呢。

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