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标题: 用于统计不同种类氧原子的tcl脚本求助 [打印本页]

作者
Author: 予拥12138 时间: 2022-4-14 23:17
标题: 用于统计不同种类氧原子的tcl脚本求助
(, 下载次数 Times of downloads: 9) 各位老师，求助一个能够统计如图所示的MD轨迹中的不同成键状况的氧原子数量的tcl脚本。具体如下：
上层为水相，下层为固相，在MD过程中，会存在上述三种不同成键的氧原子，分别是:Ow：水中未解离的氧；Odw发生解离的水中的氧；Os：与固相表面成键的氧。我也学习并尝试过写tcl脚本来完成统计，但是基础尚浅，结果都是不尽人意，修修改改还是一直报错，一直无法准确描述成键的情况，希望各位老师能够帮帮我

。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-15 04:02
不可能有现成脚本，顶多提示你怎么编写脚本

topo -sel all getbondlist 可以得到当前体系里所有键的信息
对每个氧，根据成键的原子数和元素判断所属类型

作者
Author: 予拥12138 时间: 2022-4-15 08:21

sobereva 发表于 2022-4-15 04:02
不可能有现成脚本，顶多提示你怎么编写脚本

topo -sel all getbondlist 可以得到当前体系里所有键的信息 ...

好的谢谢sob老师，对于成键元素的种类，我不太清楚怎么去表达，老师能提示一下吗

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-15 19:42

予拥12138 发表于 2022-4-15 08:21
好的谢谢sob老师，对于成键元素的种类，我不太清楚怎么去表达，老师能提示一下吗

每个原子都有name、element、x、y、z等等属性，去get就能得到
但是获取元素属性的前提是输入文件里本来就含有元素信息，哪些情况含有，看下文的相关文字
在VMD程序里对不同元素的原子用不同颜色显示的方法
http://sobereva.com/624（http://bbs.keinsci.com/thread-26306-1-1.html）

作者
Author: 予拥12138 时间: 2022-4-16 20:51

sobereva 发表于 2022-4-15 19:42
每个原子都有name、element、x、y、z等等属性，去get就能得到
但是获取元素属性的前提是输入文件里本来 ...

感谢sob老师

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