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标题: orca中smd的自定义写法如何才能等效于高斯中的SCRF(SMD,read,solvent=generic) [打印本页]

作者
Author: madhatter 时间: 2022-4-15 00:04
标题: orca中smd的自定义写法如何才能等效于高斯中的SCRF(SMD,read,solvent=generic)
类似sob老师的通过SMD溶剂模型描述离子液体溶剂环境的方法
如果通过orca用smd，其中如何自定义溶剂
%cpcm
smd true
SMDsolvent "solvent"
epsilon 32.0
Soln 1.46
Soln25  1.46
Sola  0.35
Solb  0.59
Solg  48
Solc  0
Solh  0.0625
end

solvent如何写才能等效于高斯中的SCRF(SMD,read,solvent=generic)

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-15 04:06
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“orca中smd的自定义写法”改了，以后务必注意
作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-15 04:07
ORCA手册里都写明了每个参数的含义，参考着我博文写就完了
%cpcm smd true # turn on SMD
SMDsolvent "water" # specify the name of solvent from the list
soln # index of refraction at optical frequencies at 293 K
soln25 # index of refraction at optical frequencies at 298 K
sola # Abraham's hydrogen bond acidity
solb # Abraham's hydrogen bond basicity
solg # relative macroscopic surface tension
solc # aromaticity, fraction of non-hydrogenic solvent atoms that are aromatic carbon atoms
solh # electronegative halogenicity, fraction of non-hydrogenic solvent atoms that are F, Cl, or Br
end
作者
Author: madhatter 时间: 2022-4-15 09:12
本帖最后由 madhatter 于 2022-4-15 09:19 编辑

sobereva 发表于 2022-4-15 04:07
ORCA手册里都写明了每个参数的含义，参考着我博文写就完了
%cpcm smd true # turn on SMD
SMDsolvent "wa ...

谢谢sob老师，我会注意的。
我做的是离子液体的smd，
1.20的折射能找到，25的折射影该怎么估算。
2.我理解就是虽然写的是water，但是后面自定义了所有的smd参数，代替了water。那意思是这里添任何溶剂都可以吗？只要后面给出完整的参数。我替换了不同的溶剂，定义了同样的参数，能量会有不同。查了out文件
water
CPCM SOLVATION MODEL
--------------------
CPCM parameters:
  Epsilon                                        ...    32.0000
  Refrac                                        ...    1.4600
  Rsolv                                        ...    1.3000
  Surface type                                  ... GAUSSIAN VDW
  Epsilon function type                         ...       CPCM
Solvent:                                  ... WATER
SMD-CDS solvent descriptors:
  Soln                                     ... 1.4600
  Soln25                                  ... 1.4600
  Sola                                     ... 0.3500
  Solb                                     ... 0.5900
  Solg                                     ... 48.0000
  Solc                                     ... 0.0000
  Solh                                     ... 0.0625
Radii:
Radius for Zn used is 3.9684 Bohr (= 2.1000 Ang.)
Radius for Cl used is 4.4975 Bohr (= 2.3800 Ang.)
Radius for C  used is 3.4960 Bohr (= 1.8500 Ang.)
Radius for N  used is 3.5716 Bohr (= 1.8900 Ang.)
Radius for O  used is 2.8724 Bohr (= 1.5200 Ang.)
Radius for H  used is 2.2677 Bohr (= 1.2000 Ang.)
----------------------------------------------------------------------
CYCLOPENTANONE
CPCM SOLVATION MODEL
--------------------
CPCM parameters:
  Epsilon                                        ...    32.0000
  Refrac                                        ...    1.4600
  Rsolv                                        ...    1.3000
  Surface type                                  ... GAUSSIAN VDW
  Epsilon function type                         ...       CPCM
Solvent:                                  ... CYCLOPENTANONE
SMD-CDS solvent descriptors:
  Soln                                     ... 1.4600
  Soln25                                  ... 1.4600
  Sola                                     ... 0.3500
  Solb                                     ... 0.5900
  Solg                                     ... 48.0000
  Solc                                     ... 0.0000
  Solh                                     ... 0.0625
Radii:
Radius for Zn used is 3.9684 Bohr (= 2.1000 Ang.)
Radius for Cl used is 4.4975 Bohr (= 2.3800 Ang.)
Radius for C  used is 3.4960 Bohr (= 1.8500 Ang.)
Radius for N  used is 3.5716 Bohr (= 1.8900 Ang.)
Radius for O  used is 3.1445 Bohr (= 1.6640 Ang.)
Radius for H  used is 2.2677 Bohr (= 1.2000 Ang.)

----------------------------------------------------------------------
不仅一种溶剂，除了水以外的溶剂我试了几个都跟第二种结果一样，本质似乎实在O的半径设定，我的氧主要来源于乙二醇和尿素，是否使用非水溶剂的氧半径会更好些

作者
Author: madhatter 时间: 2022-4-15 11:13
重新发一楼基本解决了。
我用G09w版用SCRF(SMD,read,solvent=generic)关键词去用smd跑一个尿素的单点，out文件里的氧的半径是1.664，所以我认为如果orca的smd自定义要等效高斯的，首选应该使用跟体系相近的溶剂名称，观察原子球半径是否一致。G09W的out如下。

Spheres list:
ISph  on Nord Re0    Alpha    Xe          Ye          Ze
1 O    1 1.664 1.000    -0.000759    1.388281    0.000000
2 N    2 1.890 1.000    -1.148150    -0.605494    0.000000
3 N    3 1.890 1.000    1.148850    -0.604944    0.000000
4 C    4 1.850 1.000    0.000000    0.159281    0.000000
5 H    5 1.200 1.000    -1.111349    -1.619501    0.000000
6 H    6 1.200 1.000    -2.067066    -0.176313    0.000000
7 H    7 1.200 1.000    2.066935    -0.174124    0.000000
8 H    8 1.200 1.000    1.112651    -1.618937    0.000000
------------------------------------------------------------------------------
------------------------------------------------------------------------------
Atomic radii for non-electrostatic terms: SMD-CDS.

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