计算化学公社

标题: 使用sobtop转化mol2文件为top文件时LJ参数错误的问题 [打印本页]

作者
Author: UTM 时间: 2022-4-15 01:12
标题: 使用sobtop转化mol2文件为top文件时LJ参数错误的问题
本人初接触GROMACS，尝试使用sob老师的sobtop将从mercury中取出的5×5×5超晶胞的mol2文件转化为top文件。使用功能6手动设置所有的原子类型后（载入mol2文件后显示所有的原子都没有原子类型，都是我手动设置的，如C→c，Cl→cl）点击0进入下一步，但是此时弹出错误提示Error：Unable to find LJ parameter for atom 5H with type h !，请问这是什么原因？这个“atom 5H是什么？”我使用功能-1将所有原子类型导出里面也没有叫5H的原子，原始的mol2文件里也没有5H原子。

作者
Author: UTM 时间: 2022-4-15 01:14
另外想请问一下，如果设置的超晶胞太大sobtop是会承受不住而闪退吗？我设置的10×10×10晶胞的mol2文件导入之后sobtop直接闪退了

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-15 04:08

UTM 发表于 2022-4-15 01:14
另外想请问一下，如果设置的超晶胞太大sobtop是会承受不住而闪退吗？我设置的10×10×10晶胞的mol2文件导入 ...

拿具体文件说事
不上传文件没法说。而且没有具体输入的命令也没法说
可能mol2文件本身就不合理

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-15 04:10
分清楚原子类型和原子名。5H是你的mol2文件里的原子名
本来sobtop默认的LJ_param.dat里就没有叫h的原子类型，你怎么能手动把氢都定义成h原子类型。搞清楚基本原理。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)

Powered by Discuz! X3.3