计算化学公社

标题: 配体分子由pdb格式转化成mol2的通用工具有哪些？ [打印本页]

作者
Author: xiayu1985 时间: 2022-4-15 10:50
标题: 配体分子由pdb格式转化成mol2的通用工具有哪些？
配体分子总是需要将pdb转化成mol2，有各种工具Avogadro，gaussview等。有两个问题：1.不同的力场对转化后的mol2文件是不是还有自己的个性化要求？2.有没有针对不同力场的通用转化工具或软件（pdb到mol2）？还是都可以转化，只是需要手动修改。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-15 19:00
用openbabel
pdb跟力场没直接关系
mol2文件里可以记录原子类型，仅在这个层面上才和力场有关。显然具体怎么转化看你实际目的

作者
Author: xiayu1985 时间: 2022-4-18 10:22

sobereva 发表于 2022-4-15 19:00
用openbabel
pdb跟力场没直接关系
mol2文件里可以记录原子类型，仅在这个层面上才和力场有关。显然具体怎 ...

老师，生成的是标准的mol2文件，任何力场都可以直接用不需要要修改里面的细枝末节？还是也需要稍微改动一下，例如分子名称等。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-19 00:52

xiayu1985 发表于 2022-4-18 10:22
老师，生成的是标准的mol2文件，任何力场都可以直接用不需要要修改里面的细枝末节？还是也需要稍微改动一 ...

mol2格式是固定的，是否标准只能说文件格式是否标准，而里面的内容，如原子名、原子类型、原子电荷等信息，没有标准不标准一说。“力场都可以直接用”这种说法没意义。完全看你用什么程序具体怎么用

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)