计算化学公社

标题: CP2k在进行晶体激发态计算时在算到TDDFPT WAVEFUNCTION OPTIMIZATION 报错 [打印本页]
作者
Author: Larry2022    时间: 2022-4-15 13:53
标题: CP2k在进行晶体激发态计算时在算到TDDFPT WAVEFUNCTION OPTIMIZATION 报错
本帖最后由 Larry2022 于 2022-4-22 10:38 编辑

利用Sob老师的帖子，我已在服务器上手动编译了CP2K，最近在进行晶体的激发态计算时，总是会在TDDFPT WAVEFUNCTION OPTIMIZATION 这一步报错，同时错误原因都是 “Primary job terminated normally, but 1 process returned a non-zero exit code. Per user-direction, the job has been aborted. ”。我利用谷歌搜索了相关问题的解答，发现这应该是Linux系统的问题，可能原因有很多但是我不太了解Linux系统，希望各位朋友能帮忙解答，不甚感激。附上我的inp文件。
作者
Author: jiangning198511    时间: 2022-4-15 14:05
首先 CP2K在第一性原理板块
其次 你有没有尝试一下先跑跑程序自带的例子看能否正常运行
作者
Author: Larry2022    时间: 2022-4-15 14:11
jiangning198511 发表于 2022-4-15 14:05
首先 CP2K在第一性原理板块
其次 你有没有尝试一下先跑跑程序自带的例子看能否正常运行

抱歉请问怎么删除这个帖子，我去第一性原理板块再发一次
作者
Author: Larry2022    时间: 2022-4-15 14:20
jiangning198511 发表于 2022-4-15 14:05
首先 CP2K在第一性原理板块
其次 你有没有尝试一下先跑跑程序自带的例子看能否正常运行

另外，Sob老师的帖子中给了一个test文件，我测试了一下CP2K应该是能正常运行的
作者
Author: sobereva    时间: 2022-4-15 16:49
Larry2022 发表于 2022-4-15 14:11
抱歉请问怎么删除这个帖子，我去第一性原理板块再发一次

给你移动了


如果下文的例子能正常跑完，你的报错也许是内存不够。减小基组，或减小并行进程数再试试。也可以尝试PRINT_LEVEL LOW改为PRINT_LEVEL MEDIUM输出更多信息看是否有什么端倪。
使用CP2K结合Multiwfn对周期性体系模拟UV-Vis光谱和考察电子激发态
http://sobereva.com/634（http://bbs.keinsci.com/thread-28006-1-1.html）
作者
Author: Larry2022    时间: 2022-4-22 10:30
本帖最后由 Larry2022 于 2022-4-22 10:44 编辑
sobereva 发表于 2022-4-15 16:49
给你移动了

谢谢sob老师。根据你的建议，我回去将你给的例子跑了一次，发现能正常跑完。而后，我分别使用DZVP-MOLOPT-SR-GTH和TZVP-GTH来计算自己的晶体，但皆会报错，而我们这台服务器的内存共计256GB，为了方便纠错我已将PRINT_LEVEL_MEDIUM的out文件和晶体结构给出，希望能推荐个更小但精度还行的基组或者其他解决办法，真的万分感谢。
作者
Author: sobereva    时间: 2022-4-27 06:58
Larry2022 发表于 2022-4-22 10:30
谢谢sob老师。根据你的建议，我回去将你给的例子跑了一次，发现能正常跑完。而后，我分别使用DZVP-MOLOPT ...

已经说了，减小并行进程数。要么用PSMP版通过OpenMP并行来避免内存高消耗
作者
Author: Larry2022    时间: 2022-4-27 11:49
sobereva 发表于 2022-4-27 06:58
已经说了，减小并行进程数。要么用PSMP版通过OpenMP并行来避免内存高消耗

谢谢sob，想问一下PSMP版MPI+OpenMP混合并行的启动命令该怎么写呢？比方说6个MPI进程，每个MPI进程下属5个OpenMP线程，共计调用6*5=30个核。CP2K接触不多，求教一下。
作者
Author: Larry2022    时间: 2022-4-27 12:03
本帖最后由 Larry2022 于 2022-4-27 12:04 编辑
sobereva 发表于 2022-4-27 06:58
已经说了，减小并行进程数。要么用PSMP版通过OpenMP并行来避免内存高消耗

我自己摸索了一下，已经知道该怎么启动混合并行计算了，多谢sob。（方便其他有此疑问的同学，我简单说明一下  1：OMP_NUM_THREADS=5   2： mpirun -np 6 cp2k.psmp xxx.inp |tee xxx.out）



欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3