计算化学公社

标题: grompp过程中coredump [打印本页]

作者
Author: mol 时间: 2022-4-15 21:08
标题: grompp过程中coredump
诸位老师，小弟在使用grompp命令进行md模拟时出现core dumped报错，请问是什么可能的原因？如下：

Command line:
  gmx_2019 grompp -f eq.mdp -c em.gro -p xuning.top -o eq.tpr

Setting the LD random seed to -1186863179

WARNING 1 [file xuning.top, line 19]:
  Overriding atomtype c3

WARNING 2 [file xuning.top, line 20]:
  Overriding atomtype hc

Generated 2850 of the 2850 non-bonded parameter combinations
Generating 1-4 interactions: fudge = 0.5
Generated 2850 of the 2850 1-4 parameter combinations
Excluding 3 bonded neighbours molecule type 'xuning'
turning H bonds into constraints...
Excluding 1 bonded neighbours molecule type 'CL'
turning H bonds into constraints...
Removing all charge groups because cutoff-scheme=Verlet
Analysing residue names:
There are:    1    Other residues
There are:    3       Ion residues
Analysing residues not classified as Protein/DNA/RNA/Water and splitting into groups...
Analysing residues not classified as Protein/DNA/RNA/Water and splitting into groups...
Segmentation fault (core dumped)

之前的能量最小化正常，在进行平衡动力学模拟时报错。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-17 03:34
原因很多，诸如拓扑文件不合理，mdp设置不当，程序bug等等，类似于电脑蓝屏。
先照着http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8排查

作者
Author: mol 时间: 2022-4-17 10:09

sobereva 发表于 2022-4-17 03:34
原因很多，诸如拓扑文件不合理，mdp设置不当，程序bug等等，类似于电脑蓝屏。
先照着http://sobereva.com/ ...

谢谢sob老师，换用gmx2018.4版本试了下没问题，估计是程序bug吧？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-17 22:34

mol 发表于 2022-4-17 10:09
谢谢sob老师，换用gmx2018.4版本试了下没问题，估计是程序bug吧？

可能是bug，也可能编译的问题

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