计算化学公社

标题: 求助MD模拟自组装5ns后分子间相互作用能为何大于0 [打印本页]

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Author: Rosefinch 时间: 2022-4-15 21:34
标题: 求助MD模拟自组装5ns后分子间相互作用能为何大于0
我只选取了4个有机分子进行自组装模拟，将有机分子吸附质划分为MOL组、石墨基底分为GRA组，分子也是经过优化后的，分子力场是从http://zarbi.chem.yale.edu/ligpargen/这个网站获取的oplsaa力场，进行了能量最小化以及位置限制的平衡相模拟后做了无限制的产生相模拟，各个过程中自组装的构象都保持的很好，但是对于吸附质分子间的相互作用能 LJ-SR(MOL-MOL)一直大于零。之前做过类似分子的模拟，两者间构象的区别是产生相跑完后此分子间O—H氢键的键长较小，平均大概1.8埃。请问是什么原因导致分子间相互作用能大于0的呢？感谢！ (, 下载次数 Times of downloads: 15) (, 下载次数 Times of downloads: 23) (, 下载次数 Times of downloads: 13)

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-17 03:37
MOL-MOL不仅体现分子间，也同时体现分子内作用
你可以先模拟单个被吸附的分子看是什么情况（或者把单个分子定义为能量组然后rerun，看组内的各项能量）
为正没有必然的异常，只要模拟结果合理完全不用管它

作者
Author: Rosefinch 时间: 2022-4-17 21:21

sobereva 发表于 2022-4-17 03:37
MOL-MOL不仅体现分子间，也同时体现分子内作用
你可以先模拟单个被吸附的分子看是什么情况（或者把单个分 ...

谢谢sob老师，我用rerun计算了单个分子的能量（ONE-ONE），与之前4个分子的MOL-MOL进行了比较，请问想得到4个分子间的范德华相互作用大小是取LJ-SR(MOL-MOL)与4倍LJ-SR(ONE-ONE)的差值吗？ (, 下载次数 Times of downloads: 25)

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-17 22:31

Rosefinch 发表于 2022-4-17 21:21
谢谢sob老师，我用rerun计算了单个分子的能量（ONE-ONE），与之前4个分子的MOL-MOL进行了比较，请问想得 ...

当前模拟中，四个单元的非键相互作用能不可能恰好精确相同。应当把每个单元都定义成能量组，用整体的减去这四个的

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Author: Rosefinch 时间: 2022-4-18 00:58

sobereva 发表于 2022-4-17 22:31
当前模拟中，四个单元的非键相互作用能不可能恰好精确相同。应当把每个单元都定义成能量组，用整体的减去 ...

请问老师，我又计算了另外三个分子的LJ-SR，但是发现它们四个的LJ-SR加起来才69.8714，比整体的LJ-SR(MOL-MOL)=87.1813还要小，也就是减出来值依旧是正的，请问这是什么原因呀？难道是范德华作用对于这四个分子的结合起副作用吗？ (, 下载次数 Times of downloads: 24)

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-18 02:03

Rosefinch 发表于 2022-4-18 00:58
请问老师，我又计算了另外三个分子的LJ-SR，但是发现它们四个的LJ-SR加起来才69.8714，比整体的LJ-SR(MOL ...

有可能
因为形成氢键会导致相应的原子间距离较近，交换互斥作用明显

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