计算化学公社

标题: 求教，如何计算一个盒子里的两类分子的动能？ [打印本页]

作者
Author: Riddermark 时间: 2016-3-22 12:51
标题: 求教，如何计算一个盒子里的两类分子的动能？
据说设置energy group就可以，但是我设置了只能计算coul和LJ作用

作者
Author: sobereva 时间: 2016-4-4 11:30
设energy group后edr里面是有的。比如设protein和other两个energy group，g_energy看edr会看到
  1  Bond          2  Angle          3  Proper-Dih.    4  Improper-Dih.
  5  LJ-14          6  Coulomb-14    7  LJ-(SR)       8  LJ-(LR)
  9  Coulomb-(SR) 10  Coulomb-(LR) 11  Potential    12  Kinetic-En.
13  Total-Energy 14  Conserved-En. 15  Temperature    16  Pressure
17  Vir-XX       18  Vir-XY       19  Vir-XZ       20  Vir-YX
21  Vir-YY       22  Vir-YZ       23  Vir-ZX       24  Vir-ZY
25  Vir-ZZ       26  Pres-XX       27  Pres-XY       28  Pres-XZ
29  Pres-YX       30  Pres-YY       31  Pres-YZ       32  Pres-ZX
33  Pres-ZY                            34  Pres-ZZ
35  #Surf*SurfTen                      36  Coul-SR:Protein-Protein
37  LJ-SR:Protein-Protein             38  Coul-LR:Protein-Protein
39  LJ-LR:Protein-Protein             40  Coul-14:Protein-Protein
41  LJ-14:Protein-Protein             42  Coul-SR:Protein-Other
43  LJ-SR:Protein-Other                44  Coul-LR:Protein-Other
45  LJ-LR:Protein-Other                46  Coul-14:Protein-Other
47  LJ-14:Protein-Other                48  Coul-SR:Other-Other
49  LJ-SR:Other-Other                50  Coul-LR:Other-Other
51  LJ-LR:Other-Other                52  Coul-14:Other-Other
53  LJ-14:Other-Other                54  T-Protein
55  T-Other

最后两项就是protein和Other的温度，从温度直接就能折算出平均动能

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