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标题: 求组计算粘度时mdp如何设置？ [打印本页]

作者
Author: yee 时间: 2022-4-16 15:15
标题: 求组计算粘度时mdp如何设置？
大家好老师好！

我参考了https://jerkwin.github.io/2018/0 ... %E7%B2%98%E5%BA%A6/里面计算水的粘度的方法，想对离子液体的粘度进行计算。我看教程是em-nvt-npt-npt-nvt-vis，里面的mdp的continuation 都是= no，但我自己实际做的时候在第二次npt时continuation = no，gromacs会计算不了，而且教程里只有第一次npt生产了速度gen_vel = yes，但我自己做的时候第一次nvt不生成速度也跑不了。然后通过更改continuation 和gen_vel让体系跑完整个流程后，得出的两次结果相差三倍，且与文献的实验室相差三个数量级。
但我在计算密度采用em-nvt-npt然后gmx energy后，得出密度与实验值误差很小。请问是mdp的问题吗？

想请教大家使用gmx energy计算粘度时，mdp哪些参数设置是不一样的。

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