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标题: BOMD计算水杨酸激发态质子转移的问题 [打印本页]

作者
Author: 天天121 时间: 2022-4-16 16:44
标题: BOMD计算水杨酸激发态质子转移的问题
想学习BOMD如何计算质子转移过程，以最简单的水杨酸分子为例，势能曲线扫面给出ESIPT反应的能垒0.18 Kcal/mol,又用TS法扫描了过渡态，并以此为初始结构开始跑BOMD,但是结果显示并未发生质子转移反应。想要像文献中写的那样随机产生25个Traj,然后计算发生质子转移的比率，请问BOMD可以完成吗？希望各位老师批评指正！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-17 03:23
PM7结合TD算ESIPT，结果100%糟内行质疑

ORCA在TD-PBE0-D3(BJ)/def2-SVP级别下跑此体系的短时间AIMD完全可行，也不会糟什么质疑，还比Gaussian的BOMD好使得多、有像样的热浴
基本使用看
使用ORCA做从头算动力学(AIMD)的简单例子
http://sobereva.com/576（http://bbs.keinsci.com/thread-20800-1-1.html）

即便你只对S1感兴趣也不能用nstates=1，下文明确说了
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314（http://bbs.keinsci.com/thread-2413-1-1.html）

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“BOMD计算质子转移”改了，以后务必注意

作者
Author: 天天121 时间: 2022-4-17 07:23

sobereva 发表于 2022-4-17 03:23
PM7结合TD算ESIPT，结果100%糟内行质疑

ORCA在TD-PBE0-D3(BJ)/def2-SVP级别下跑此体系的短时间AIMD完全 ...

好的谢谢Sob老师

作者
Author: 天天121 时间: 2022-4-17 08:11

sobereva 发表于 2022-4-17 03:23
PM7结合TD算ESIPT，结果100%糟内行质疑

ORCA在TD-PBE0-D3(BJ)/def2-SVP级别下跑此体系的短时间AIMD完全 ...

那Sob老师我的输入文件是用过渡态结构还是Enol或Keto结构呢

作者
Author: 天天121 时间: 2022-4-17 13:15

sobereva 发表于 2022-4-17 03:23
PM7结合TD算ESIPT，结果100%糟内行质疑

ORCA在TD-PBE0-D3(BJ)/def2-SVP级别下跑此体系的短时间AIMD完全 ...

老师我还有个问题如果我想跑S1态怎么在inp文件里表明要跑的是激发态动力学呢

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-4-17 14:19

天天121 发表于 2022-4-17 01:11
那Sob老师我的输入文件是用过渡态结构还是Enol或Keto结构呢

都行，因为跑MD的要求就是你跑出来的结果必须可以认为和初始结构无关，如果初始结构会影响MD结果，说明MD跑的时间不够长

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-4-17 14:20

天天121 发表于 2022-4-17 06:15
老师我还有个问题如果我想跑S1态怎么在inp文件里表明要跑的是激发态动力学呢

按照TDDFT结构优化的写法来写，然后加MD关键词以及%md输入块里的各种参数
https://sites.google.com/site/or ... -calculations/tddft

作者
Author: 天天121 时间: 2022-4-17 16:20

wzkchem5 发表于 2022-4-17 14:20
按照TDDFT结构优化的写法来写，然后加MD关键词以及%md输入块里的各种参数
https://sites.google.com/sit ...

老师您好又见面了我现在是根据Sob老师的博文优化了激发态的结构又用Multiwfn软件生成了inp文件不知道跑的是不是激发态的但我inp文件里是激发态优化后的几何结构

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-4-17 16:36

天天121 发表于 2022-4-17 09:20
老师您好又见面了我现在是根据Sob老师的博文优化了激发态的结构又用Multiwfn软件生成了inp文件不知道 ...

inp文件是否跑的是激发态MD，和初始结构是不是用激发态优化的无关。
用Multiwfn产生的输入文件必须手动检查，看是否是用来做你需要的计算的，不能不经检查就跑

作者
Author: 天天121 时间: 2022-4-17 16:41
本帖最后由天天121 于 2022-4-17 16:45 编辑

wzkchem5 发表于 2022-4-17 16:36
inp文件是否跑的是激发态MD，和初始结构是不是用激发态优化的无关。
用Multiwfn产生的输入文件必须手动 ...

老师您看一下这是我的输入文件在哪里加激发态的相关信息呢

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-17 22:28

天天121 发表于 2022-4-17 16:41
老师您看一下这是我的输入文件在哪里加激发态的相关信息呢

这明显是算基态的，都没体现出理论方法算的是激发态
Multiwfn产生ORCA输入文件的界面里只有当你把任务类型设成跑MD，再选择算激发态的级别，才可能对激发态做MD

Multiwfn界面上直接提供的各个计算级别特点是什么、哪些是算激发态的，下文都有明确说明
详谈Multiwfn产生ORCA量子化学程序的输入文件的功能
http://sobereva.com/490（http://bbs.keinsci.com/thread-13560-1-1.html）

作者
Author: 天天121 时间: 2022-4-18 10:32

sobereva 发表于 2022-4-17 22:28
这明显是算基态的，都没体现出理论方法算的是激发态
Multiwfn产生ORCA输入文件的界面里只有当你把任务类 ...

谢谢Sob老师和楼上老师的指导已经跑出来了

作者
Author: Kalinite 时间: 2022-5-18 22:54
如果非要用Gaussian做BOMD，要用iop(1/44=xxxxxx)取随机数。不过25条轨迹未免少了点吧，要预测比例的话还是要更多一点，毕竟这个体系也很小，计算不很耗时。

作者
Author: 天天121 时间: 2022-5-19 08:19

Kalinite 发表于 2022-5-18 22:54
如果非要用Gaussian做BOMD，要用iop(1/44=xxxxxx)取随机数。不过25条轨迹未免少了点吧，要预测比例的话还是 ...

谢谢老师已经改成ORCA了还是ORCA方便一点

作者
Author: aixy 时间: 2025-10-10 18:32

天天121 发表于 2022-5-19 08:19
谢谢老师已经改成ORCA了还是ORCA方便一点

哥，输入文件还在吗，我算的老出错

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