计算化学公社

标题: 求助，使用reaxff裂解怎么去除产生的小分子 [打印本页]

作者
Author: LGX 时间: 2022-4-16 21:59
标题: 求助，使用reaxff裂解怎么去除产生的小分子
求助，在lammps运行过程中，使用reaxff进行裂解时产生的裂解产物用什么命令可以实现反复删除。例如，每4000步删除一次。delete_atoms我看手册好像不能实现该操作。各位大神，拜托了。

作者
Author: lc123 时间: 2022-6-3 12:34
您好，请问您找到上述问题的解决方法了嘛，我也想弄清楚这个应该如何删除产生的小分子

作者
Author: 456321789 时间: 2023-8-27 20:00
你好，我也遇见这个问题了，请问您解决里面

作者
Author: wildon 时间: 2023-8-27 20:57

456321789 发表于 2023-8-27 20:00
你好，我也遇见这个问题了，请问您解决里面

最新版的lammps已经可以实现这个功能了

作者
Author: 456321789 时间: 2023-9-11 11:08

wildon 发表于 2023-8-27 20:57
最新版的lammps已经可以实现这个功能了

是需要先下载最新版本lammps对吗？然后里面有相关的函数命令。

作者
Author: 456321789 时间: 2023-9-11 11:09

456321789 发表于 2023-9-11 11:08
是需要先下载最新版本lammps对吗？然后里面有相关的函数命令。

我说我的函数命令为什么报错说无法识别。

作者
Author: wildon 时间: 2023-9-11 11:11

456321789 发表于 2023-9-11 11:08
是需要先下载最新版本lammps对吗？然后里面有相关的函数命令。

对的，重新编译最新的lammps

作者
Author: 456321789 时间: 2023-9-14 16:12

wildon 发表于 2023-9-11 11:11
对的，重新编译最新的lammps

22年6月份版本可以吗

作者
Author: 456321789 时间: 2023-9-14 16:15

wildon 发表于 2023-9-11 11:11
对的，重新编译最新的lammps

这样的命令可以吗？
# 每1000步删除原子
variable modstep equal fmod(step, 1000)
if ${modstep} == 0 then "delete_atoms groupN delete 10"
if ${modstep} == 0 then "delete_atoms groupO delete 10"
if ${modstep} == 0 then "delete_atoms groupN delete 10"

run          10000

fix          6 all temp/berendsen 2800.0 2800.0 0.1
timestep       0.1

# 每1000步删除原子
variable modstep equal fmod(step, 1000)
if ${modstep} == 0 then "delete_atoms groupN delete 10"
if ${modstep} == 0 then "delete_atoms groupO delete 10"
if ${modstep} == 0 then "delete_atoms groupN delete 10"

run          10000

fix          7 all temp/berendsen 2800.0 300.0 0.1
timestep       0.1

# 每1000步删除原子
variable modstep equal fmod(step, 1000)
if ${modstep} == 0 then "delete_atoms groupN delete 10"
if ${modstep} == 0 then "delete_atoms groupO delete 10"
if ${modstep} == 0 then "delete_atoms groupN delete 10"

run          10000

作者
Author: wildon 时间: 2023-9-14 16:34

456321789 发表于 2023-9-14 16:12
22年6月份版本可以吗

不行，只能是2 Aug 2023版本的

作者
Author: wildon 时间: 2023-9-14 16:35

456321789 发表于 2023-9-14 16:15
这样的命令可以吗？
# 每1000步删除原子
variable modstep equal fmod(step, 1000)

你可以看看最新版lammps（2 Aug 2023）的fix reaxff/species command

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