计算化学公社

标题: 求助：有人可以帮我用Antechamber处理一下配体吗？ [打印本页]

作者
Author: fresno 时间: 2022-4-16 22:26
标题: 求助：有人可以帮我用Antechamber处理一下配体吗？
我想用gmx_mmpbsa(https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA)进行计算，但是他的官网要求配体文件必须是Antechamber输出的mol2文件，我电脑里没有安装amber tool，也不知道该怎么使用。所以想看有无好心人帮我处理一下🙏，好人一生平安感激不尽！（PS：小白是本科生，课题组没有计算化学的师兄，导师要求做MD但也不指导，自己摸索了一个月把所有的坑都踩完了，终于从零跑出模拟。但是就卡在最后一步MMPBSA，截至时间也快到了，大哥们救救孩子吧😭）

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Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-4-17 01:19
用anaconda安装ambertools比较简单
https://ambermd.org/GetAmber.php#ambertools
参考这个网页里的option2，几个命令就能装好

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Author: saccharide01 时间: 2022-4-17 20:29
ambertools由conda安装后 acpype从github安装设置好.bashrc就能用。虽然我不知道你做完分子模拟为啥没有配体的mol2文件，不过其实装一个不麻烦。况且也不是只有ambertools才能产生mol2.

作者
Author: fresno 时间: 2022-4-19 17:38

saccharide01 发表于 2022-4-17 20:29
ambertools由conda安装后 acpype从github安装设置好.bashrc就能用。虽然我不知道你做完分子模拟为啥没有配 ...

我配体拓扑在acpype上弄的，当时是生成了mol文件，但是用gmx_mmpbsa时它报告说“MMPBSA_Error /root/.conda/envs/gmxMMPBSA/bin/parmchk2 failed when querying ligand.mol2.”，我就猜是mol文件一定要Antechamber的输出文件的原因。。。

作者
Author: fresno 时间: 2022-4-19 17:43

Frozen-Penguin 发表于 2022-4-17 01:19
用anaconda安装ambertools比较简单
https://ambermd.org/GetAmber.php#ambertools
参考这个网页里的optio ...

感谢，之前安装老是失败，我再试试。。。

作者
Author: saccharide01 时间: 2022-4-20 17:20

fresno 发表于 2022-4-19 17:43
感谢，之前安装老是失败，我再试试。。。

其实你实在嫌麻烦 acpype有在线网站的，往上面输小分子网站会反你LIG_charget_type_gaff.mol2的文件模式的。gmx_mmpbsa我也用过，不过我不记得是否一定要这个acpype输出的mol2了。反正我记得我之前用cgenff和Charmm联合做过动力学，但是gmx_mmpbsa不支持，所以改用amber+gaff了。配体就两个，都是用的acpype在线网站，后来自己通过conda装了ambertools，再装了acpype后，就没用过网站，网站得一天吧，好像叫ATB还是啥的，sob老师写过这类生成小分子的文章，你可以去看

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Author: fresno 时间: 2022-4-21 03:23

saccharide01 发表于 2022-4-20 17:20
其实你实在嫌麻烦 acpype有在线网站的，往上面输小分子网站会反你LIG_charget_type_gaff.mol2的文件模式 ...

好的感谢大佬！

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Author: Acee 时间: 2022-4-21 09:38
装个ambertool呗，又不要钱

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