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标题: .mdp文件deform剪切盒子变形问题 [打印本页]

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Author: 屯长 时间: 2022-4-17 10:44
标题: .mdp文件deform剪切盒子变形问题
我想用.mdp文件中的deform 命令实现沿x方向的剪切，但是模拟结束后盒子变形了，盒子里面的分子没有动。有大佬知道是什么原因吗？
利用VMD查看了盒子分子的轨迹也是没有实现剪切效果。 (, 下载次数 Times of downloads: 12) (, 下载次数 Times of downloads: 23)

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Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-4-17 11:11
本帖最后由 Frozen-Penguin 于 2022-4-17 23:37 编辑

好像较新版本的gromacs模拟输出gro文件时会根据周期性边界条件进行处理，把所有分子放进长方体盒子里（但是不会修改盒子信息）。这些分子可能已经移动了，但是因为做了处理，所以看起来还是长方体。在VMD里面用pbc wrap命令，可以把体系都放进原来的盒子里（可能会出现一些跨越盒子的键）。

作者
Author: 屯长 时间: 2022-4-17 23:14

Frozen-Penguin 发表于 2022-4-17 11:11
好像较新版本的gromacs模拟输出gro文件时会根据周期性边界条件进行处理，把所有分子放进长方体盒子里（但是 ...

多谢指点，问题已解决

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Author: tangwenke 时间: 2024-11-17 21:51
你好请问你的应力是怎么选择的

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