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标题: 使用sobtop生成的拓扑文件还需要include力场文件吗？ [打印本页]

作者
Author: UTM 时间: 2022-4-18 09:58
标题: 使用sobtop生成的拓扑文件还需要include力场文件吗？
请问各位老师同学，使用sobtop基于GAFF生成的拓扑文件里边是没有include力场文件的，需要手动添加GAFF的立场文件吗？

作者
Author: UTM 时间: 2022-4-18 10:09
还有，在向盒子中添加水分子的时候是不是还得手动includeGAFF力场的水文件？

作者
Author: 牧生 时间: 2022-4-18 10:55
需要

作者
Author: UTM 时间: 2022-4-18 11:04

牧生发表于 2022-4-18 10:55
需要

请问是都需要吗？那上哪下载GROMACS用的GAFF力场文件呢？

作者
Author: 牧生 时间: 2022-4-18 11:12
本帖最后由牧生于 2022-4-18 11:13 编辑

都需要。amber和gaff完全兼容，include amber力场就行。

作者
Author: nianbin 时间: 2022-4-18 11:12
不需要 include，但是你如果需要用到水或者离子力场则需要先引用力场然后在引用离子或者水分子力场

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-19 01:12

UTM 发表于 2022-4-18 10:09
还有，在向盒子中添加水分子的时候是不是还得手动includeGAFF力场的水文件？

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

不需要include，本来sobtop产生的拓扑文件里就已经给了[ defaults ]、[ atomtypes ]等字段了，模拟当前体系所需要的所有信息都已经具备了，除非你再给体系里加点额外的东西。

作者
Author: UTM 时间: 2022-4-19 09:34

sobereva 发表于 2022-4-19 01:12
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员 ...

好的，以后不会了
如果想向盒子中添加水的话是否可以直接include amber的水模型？是否必需要下载GAFF力场的水模型？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-19 18:19

UTM 发表于 2022-4-19 09:34
好的，以后不会了
如果想向盒子中添加水的话是否可以直接include amber的水模型？是否必需要下载GAFF力 ...

看你具体添加什么水
如果是AMBER力场目录下直接带的那几个水模型中的一种，把水的itp include进去，也include AMBER的forcefield.itp，则水就可以用了。没有“GAFF力场的水模型”一说。水模型本身自己就定义了力场，跟AMBER、GAFF等力场没直接关系。前面说include AMBER的forcefield.itp那是因为自带的那几个水的原子类型是在AMBER目录下里ffnonbonded.itp里定义的，你若单独拿出来也可以。搞清楚拓扑文件的逻辑关系

作者
Author: UTM 时间: 2022-4-19 19:13

sobereva 发表于 2022-4-19 18:19
看你具体添加什么水
如果是AMBER力场目录下直接带的那几个水模型中的一种，把水的itp include进去，也in ...

好的好的，谢谢sob老师，我明白了

作者
Author: zzffzz33 时间: 2022-9-2 10:54

sobereva 发表于 2022-4-19 18:19
看你具体添加什么水
如果是AMBER力场目录下直接带的那几个水模型中的一种，把水的itp include进去，也in ...

请问卢老师，我有几个疑惑：
1.假设在某有机小分子水溶液的模拟体系下，在mix.top文件中首先include AMBER99sb的forcefield.itp，再写入Sobtop基于GAFF力场生成有机小分子的atomtypes字段，最后include 有机小分子和水的itp是否合理？
2.atomtypes字段的定义是否就属于使用AMBER定义了水的原子类型，使用GAFF定义了有机小分子的原子类型？
3.水中的原子和有机小分子中的原子有重复的情况下，两种力场分别是怎么区分和识别的呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-3 20:54

zzffzz33 发表于 2022-9-2 10:54
请问卢老师，我有几个疑惑：
1.假设在某有机小分子水溶液的模拟体系下，在mix.top文件中首先include AMB ...

1 合理

2、3 AMBER的原子类型是大写，GAFF是小写

作者
Author: zzffzz33 时间: 2022-9-4 09:53

sobereva 发表于 2022-9-3 20:54
1 合理

2、3 AMBER的原子类型是大写，GAFF是小写

谢谢卢老师回复

作者
Author: liu840397562 时间: 2023-10-25 20:33

sobereva 发表于 2022-9-3 20:54
1 合理

2、3 AMBER的原子类型是大写，GAFF是小写

所以说老师前面说的不需要include是不需要include力场文件，添加水分子include力场文件只是为了调用力场里对水分子的描述对吗？前面有人说需要有人不需要有点乱，找您确定一下

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-26 05:48

liu840397562 发表于 2023-10-25 20:33
所以说老师前面说的不需要include是不需要include力场文件，添加水分子include力场文件只是为了调用力场 ...

不用管include什么文件
关键看是否需要的字段和信息都提供了
那些信息在被include的文件里还是直接写在top里都一样
搞清楚拓扑文件的基本规则、弄清楚grompp需要什么信息
诸如用了某个水模型的itp文件，显然必须拓扑信息里得有个地方定义给出了里面涉及的原子类型的定义，如果在某个itp文件中正好有对应的[atomtypes]定义，自然可以去引用

作者
Author: liu840397562 时间: 2023-10-26 21:28

sobereva 发表于 2023-10-26 05:48
不用管include什么文件
关键看是否需要的字段和信息都提供了
那些信息在被include的文件里还是直接写在 ...

嗯呢谢谢sob老师！

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