计算化学公社

标题: 如何计算一个分子中，给体片段和受体片段之间的距离 [打印本页]

作者
Author: weixue 时间: 2022-4-18 16:08
标题: 如何计算一个分子中，给体片段和受体片段之间的距离
大家好！请问如果在一个分子中，计算给体片段和受体片段之间的距离

作者
Author: chands 时间: 2022-4-18 16:36
我不太明白。怎么定义距离？两个质心之间的距离，还是两个最近原子核之间的距离？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-4-18 17:31
这个距离的定义不是唯一的，有的小领域里的做法在另外的小领域里不一定认可

作者
Author: weixue 时间: 2022-4-18 21:11

chands 发表于 2022-4-18 16:36
我不太明白。怎么定义距离？两个质心之间的距离，还是两个最近原子核之间的距离？

就是两个片段的质心距离。应该如何计算呢

作者
Author: chands 时间: 2022-4-18 21:28

weixue 发表于 2022-4-18 21:11
就是两个片段的质心距离。应该如何计算呢

不知道有没有软件直接算，没有自己编程算也成。编个小程序，输入所有原子的坐标，质心坐标是原子坐标的质量加权平均，然后直接用勾股定理算距离。

作者
Author: chands 时间: 2022-4-19 00:12

weixue 发表于 2022-4-18 21:11
就是两个片段的质心距离。应该如何计算呢

直接开excel表算最简单，代码也省了。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-19 01:16

weixue 发表于 2022-4-18 21:11
就是两个片段的质心距离。应该如何计算呢

用Multiwfn主功能100的子功能21算，最简单，没有之一

例
(, 下载次数 Times of downloads: 33)

作者
Author: paramecium86 时间: 2022-6-16 01:39

sobereva 发表于 2022-4-19 01:16
用Multiwfn主功能100的子功能21算，最简单，没有之一

例

请问sob老师，这段儿距离的信息可以输出到一个文件里么。现在想用multiwfn来批量统计一堆分子fragments间的质心距离。谢谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-16 10:09

paramecium86 发表于 2022-6-16 01:39
请问sob老师，这段儿距离的信息可以输出到一个文件里么。现在想用multiwfn来批量统计一堆分子fragments间 ...

详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva.com/612（http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html）

作者
Author: paramecium86 时间: 2022-6-16 11:09

sobereva 发表于 2022-6-16 10:09
详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva.com/612（http://bbs.keinsci.com/thre ...

谢谢您。明白了。

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