计算化学公社

标题: 求助用Multiwfn画CP2K的静电势图 [打印本页]

作者
Author: aleilei 时间: 2022-4-18 22:39
标题: 求助用Multiwfn画CP2K的静电势图
求问各位大佬，由于之前算各个构型的结合能都是用cp2k算，现在要画静电势的图，看到multiwfn是可以读取wfn文件，但cp2k产生的wfn文件直接导入multiwfn会闪退，是什么原因或者还有什么办法可以画静电势吗？求求了！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-19 00:39
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的严重不恰当标题“静电势 cp2k”改了，以后务必注意，下次将删帖+扣分处理。提问时别图省事就把几个关键词在标题里一摆。

当前明明是普通求助贴，分类干嘛选[Multiwfn资源与经验]？不要扰乱论坛秩序。这次给你改了，下次将扣分处理。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-19 00:41
CP2K自动产生的wfn文件和下文介绍的wfn文件完全是两码事，毫无联系
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379（http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html）
利用wfn文件计算电子密度的代码的编写方法
http://sobereva.com/182

怎么画静电势的图看你具体画什么样的，交代详细
Multiwfn没法基于CP2K的波函数直接算静电势，只能根据CP2K产生的静电势的cub文件，通过线性或B-spline插值产生任意位置的静电势

作者
Author: aleilei 时间: 2022-4-19 01:04

sobereva 发表于 2022-4-19 00:39
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

不好意思，第一次用这个，不太懂规矩，给您添麻烦了

作者
Author: aleilei 时间: 2022-4-19 01:08

sobereva 发表于 2022-4-19 00:41
CP2K自动产生的wfn文件和下文介绍的wfn文件完全是两码事，毫无联系
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生 ...

谢谢您的回复，主要想画电子密度等值面着色展现分子范德华表面静电势分布，我去尝试用cp2k产生静电势的cub文件，十分感谢

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-19 01:18

aleilei 发表于 2022-4-19 01:08
谢谢您的回复，主要想画电子密度等值面着色展现分子范德华表面静电势分布，我去尝试用cp2k产生静电势的cu ...

如果是分子，没必要用CP2K
如果是周期性体系，让CP2K产生电子密度和静电势的cub文件，分别命名为density1.cub和ESP1.cub，放到VMD目录下，按照下文的方法，在VMD里输入iso命令就能直接画出来
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频演示）
http://sobereva.com/443（http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html）

作者
Author: aleilei 时间: 2022-4-19 18:50

sobereva 发表于 2022-4-19 01:18
如果是分子，没必要用CP2K
如果是周期性体系，让CP2K产生电子密度和静电势的cub文件，分别命名为density ...

是70个原子左右的分子构型，按您的方法画出来了，不过显示出了点问题，显示的图像是分裂的

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-19 18:57

aleilei 发表于 2022-4-19 18:50
是70个原子左右的分子构型，按您的方法画出来了，不过显示出了点问题，显示的图像是分裂的

看不到你的图
仔细看置顶的新社员必读贴了解怎么贴图

作者
Author: aleilei 时间: 2022-4-19 19:14

sobereva 发表于 2022-4-19 18:57
看不到你的图
仔细看置顶的新社员必读贴了解怎么贴图

大概这样

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-19 20:57

aleilei 发表于 2022-4-19 19:14
大概这样

分子不在盒子中央
让分子居中再计算（所有原子坐标>0）。CP2K的盒子从0,0,0开始

作者
Author: aleilei 时间: 2022-4-19 22:31

sobereva 发表于 2022-4-19 20:57
分子不在盒子中央
让分子居中再计算（所有原子坐标>0）。CP2K的盒子从0,0,0开始

按照您的方法做出来了，十分感谢

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)