计算化学公社

标题: 求助Gaussian做晶体结构优化40小时还没完成 [打印本页]

作者
Author: xiali 时间: 2022-4-19 12:27
标题: 求助Gaussian做晶体结构优化40小时还没完成
我最近在优化两个晶体结构（非对称结构单元分子量大概三四百，只有CHON四种元素），其中一个优化了10个小时优化完成了，另一个到现在为止已经优化了40个小时还没优化完，chk文件已经15小时都没更新了，选择了DFT-B3LYP/6-311++g基组，生成gjf文件时基本上都是默认，自己没有主动勾选条件，两个晶体优化条件一样，我自己刚接触Gaussian不久，不知道这种情况可正常，请问有哪位高手可以指导一下吗，谢谢啦

作者
Author: jiangning198511 时间: 2022-4-19 13:01
晶体结构为啥不用周期性材料计算程序如CP2K VASP?

作者
Author: xiali 时间: 2022-4-19 13:17

jiangning198511 发表于 2022-4-19 13:01
晶体结构为啥不用周期性材料计算程序如CP2K VASP?

之前不了解，只是在文献里面看到了有人使用高斯

作者
Author: jiangning198511 时间: 2022-4-19 13:20

xiali 发表于 2022-4-19 13:17
之前不了解，只是在文献里面看到了有人使用高斯

你的意思是你这个体系有人用高斯计算吗？如果你的体系是周期性的最好使用VASP程序，高斯一般用来计算小分子和团簇

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2022-4-19 13:46
发帖时务必注意恰当填写标题！
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 8&fromuid=19420
(出处: 计算化学公社)

作者
Author: snljty 时间: 2022-4-19 13:51
本帖最后由 snljty 于 2022-4-19 13:53 编辑

这个基组的结果没有意义，不能用于任何实际计算。看卢老师博文谈谈量子化学中基组的选择
不要用GaussView那个界面来写关键词。保存成gjf后用文本编辑器，手动改输入文件关键词等。如果是晶体中的结构，XRD解析度足够的话，通常目的下冻结重原子，只优化氢原子即可。

作者
Author: KangJiaxin 时间: 2022-4-19 16:43
晶体结构可以考虑冻结非H原子，弥散函数可以去掉，或者不给H加弥散。光秃秃的B3LYP不太可

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-19 17:10
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“结构优化”改了，以后务必注意，下次将删帖+扣分处理。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-19 17:12
好好把此文看了
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

初学者不会描述文件就直接上传输入文件
估计8成是能当反面教材的完全胡算瞎算的模型和设置

该加极化函数不加，不该加弥散函数瞎加，真是搞不懂一些初学者是什么逻辑，为什么对加号的敏感度远高于星号

作者
Author: GoldenBaby 时间: 2022-4-19 19:10
孩子，我觉得吧，如果不差钱的话，还是找代算吧。相比被代算坑钱，从头学可能更浪费时间，而且大概率会被老板骂的狗血淋头，关键还不给钱。毕竟代算挣得钱，大部分都是挨骂的钱。如果你不是专业做计算研究，真的犯不着受这份气。

作者
Author: snljty 时间: 2022-4-19 20:53

GoldenBaby 发表于 2022-4-19 19:10
孩子，我觉得吧，如果不差钱的话，还是找代算吧。相比被代算坑钱，从头学可能更浪费时间，而且大概率会被老 ...

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-19 21:09
量化计算没入门的话，直接找代算大概率坑死，甚至最后发票还没拿到，结果还得到一堆根本没法发表的垃圾数据（如果拿来发表，被审稿人怼死；如果侥幸发表了，还会成科研道路的污点）

建议看此文
谈谈我对计算化学代算的看法
http://sobereva.com/505
外行人别轻易找量子化学代算
http://bbs.keinsci.com/thread-19519-1-1.html

作者
Author: GoldenBaby 时间: 2022-4-21 12:27

sobereva 发表于 2022-4-19 21:09
量化计算没入门的话，直接找代算大概率坑死，甚至最后发票还没拿到，结果还得到一堆根本没法发表的垃圾数据 ...

Sob老师说的是，但是有没有可能这些数据只是用于毕业。毕竟硕博99%的数据可能都不会被用于发表，我想我说这话应该没人反对吧。再说现在研究生毕业不要求发表论文已经成为大势所趋，大概率99%的数据连被怼这一关都到不了。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-22 01:35

GoldenBaby 发表于 2022-4-21 12:27
Sob老师说的是，但是有没有可能这些数据只是用于毕业。毕竟硕博99%的数据可能都不会被用于发表，我想我说 ...

很多人确实需要数据来毕业，代算出哪怕垃圾数据，对他们毕业本身也有意义 ---- 然而，这绝对是歪风邪气，绝对不能助长这种不正之风的出现，永远不能放纵作弊行为。

绝大多数人读研是为了拿个文凭，成为就业的砝码，但即便如此，他们也要以努力和汗水作为必须付出的成本，并在这个过程中提升自己的学识和素养。如果为了毕业用的数据都能靠代算花钱买来，并且成为普遍现象的话，那真是对个人、对国家、对领域都祸害无穷。

作者
Author: coolrainbow 时间: 2022-5-30 11:39
你这体系，用CP2K根本不是问题。用Gaussian实在是自讨苦吃，而且还弥散基组~

作者
Author: hxd_yi 时间: 2022-5-31 02:19

xiali 发表于 2022-4-19 13:17
之前不了解，只是在文献里面看到了有人使用高斯

?不会是高斯基组吧？比如用crystal算的。
用高斯优化晶体结构文章很少见，能不能发来看看？给DOI号就行。

作者
Author: hxd_yi 时间: 2022-5-31 02:24

GoldenBaby 发表于 2022-4-19 19:10
孩子，我觉得吧，如果不差钱的话，还是找代算吧。相比被代算坑钱，从头学可能更浪费时间，而且大概率会被老 ...

代算的数据可重复验证吗？要知道，计算的可重复性是100%。

作者
Author: ene 时间: 2022-5-31 05:39

hxd_yi 发表于 2022-5-31 02:24
代算的数据可重复验证吗？要知道，计算的可重复性是100%。

100%可重复吗？你没做过md吧。。。

作者
Author: hxd_yi 时间: 2022-6-1 23:53

ene 发表于 2022-5-31 05:39
100%可重复吗？你没做过md吧。。。

用相同的随机数种子。

作者
Author: ene 时间: 2022-6-2 00:23

hxd_yi 发表于 2022-6-1 23:53
用相同的随机数种子。

你臆测的太美好了。。。浮点数精度有限带来的误差哪里是相同随机数种子能解决的。。。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)