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标题: 使用Mutiwfn计算分子尺寸遇到问题 [打印本页]

作者
Author: sun877469558 时间: 2022-4-19 15:10
标题: 使用Mutiwfn计算分子尺寸遇到问题
按照sob老师博文“使用Multiwfn计算分子的长宽高以及显示分子的主轴”（http://sobereva.com/426）计算分子尺寸

选择2 Export the geometry in new orientation as new.pdb in current folder

在使用VMD载入Mutiwfn得到的new.pdb后,输入

set lena [molinfo top get a]
set lenb [molinfo top get b]
set lenc [molinfo top get c]
set cenx [expr $lena/2]
set ceny [expr $lenb/2]
set cenz [expr $lenc/2]
draw color red
draw cylinder "$cenx $ceny 0" "$cenx $ceny $lenc" radius 0.15 resolution 20
draw color green
draw cylinder "0 $ceny $cenz" "$lena $ceny $cenz" radius 0.15 resolution 20
draw color blue
draw cylinder "$cenx 0 $cenz" "$cenx $lenb $cenz" radius 0.15 resolution 20

终端显示如下

set lena [molinfo top get a]
set lenb [molinfo top get b]
set lenc [molinfo top get c]
set cenx [expr $lena/2]
set ceny [expr $lenb/2]
set cenz [expr $lenc/2]
draw color red
draw cylinder "$cenx $ceny 0" "$cenx $ceny $lenc" radius 0.15 resolution 20
draw color green
draw cylinder "0 $ceny $cenz" "$lena $ceny $cenz" radius 0.15 resolution 20
draw color blue
draw cylinder "$cenx 0 $cenz" "$cenx $lenb $cenz" radius 0.15 resolution 2014.218000
vmd > 8.879000
vmd > 6.949000
vmd > 7.109
vmd > 4.4395
vmd > 3.4745
vmd > 0
vmd > 1
vmd > 2
vmd > 3
vmd > 4
vmd >

但是得到的主轴无z轴，换个小分子还是如此，请问各位老师这是为什么呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-19 17:20
先更新到Multiwfn最新版本，如果还有问题，把输入文件上传

作者
Author: sun877469558 时间: 2022-4-19 18:45

sobereva 发表于 2022-4-19 17:20
先更新到Multiwfn最新版本，如果还有问题，把输入文件上传

老师，您好，Multiwfn已经更新到 Version 3.8(dev), release date: 2022-Apr-13，结果如上图一样，以下是size命令后的结果

Farthest distance: 31(H )  --- 32(H ): 11.900 Angstrom
vdW radius of 31(H ): 1.200 Angstrom
vdW radius of 32(H ): 1.200 Angstrom
Diameter of the system: 14.300 Angstrom
Radius of the system:    7.150 Angstrom
Length of the three sides: 14.218    8.879    6.949 Angstrom

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-19 18:53
毫无问题
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8成是你把博文里的命令粘贴到VMD文本窗口之后没按回车，导致最后一个命令没执行

作者
Author: sun877469558 时间: 2022-4-19 22:34

sobereva 发表于 2022-4-19 18:53
毫无问题

感谢sob老师，抱歉，犯这样的低级错误，确实是少打了空格

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