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标题: 求共享固液界面或三相体系的模型 [打印本页]

作者
Author: panyongcai 时间: 2022-4-19 17:05
标题: 求共享固液界面或三相体系的模型
本帖最后由 panyongcai 于 2022-4-19 17:36 编辑

初入gromacs，哪位有固液界面或三相体系的模型输入文件参考一下，谢谢。

想模拟如下体系：盒子里下为固体表面，上为液体，液体中的气体分子自动形成气泡的过程。
(, 下载次数 Times of downloads: 16)

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-19 17:19
说具体输入文件指什么

作者
Author: panyongcai 时间: 2022-4-19 17:35
本帖最后由 panyongcai 于 2022-4-19 17:37 编辑

sobereva 发表于 2022-4-19 17:19
说具体输入文件指什么

sob老师好，就是固体和液体，气体的pdb和对应生成的gro和top文件。类似图片中的体系，其中固体是固定的，液体填充满，一定个数的气体分子随机分布。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-19 18:15
构建初始结构，packmol就可以
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473（http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html）

但packmol填充液体区域不可能填充得非常致密。如果填充水，可以用gmx solvate基于自带的比如spc216.gro来填充，会填得非常致密。如果填充别的液体也想填充得特别紧密的话，需要先对相应的液体做NPT得到纯溶剂盒子的gro，再让gmx solvate依据它来填充别的体系的特定的空白区域。

top文件可以用sobtop
http://sobereva.com/soft/Sobtop
对石墨烯、每类分子都得到itp文件，恰当地include到主top里

作者
Author: panyongcai 时间: 2022-4-19 18:51

sobereva 发表于 2022-4-19 18:15
构建初始结构，packmol就可以
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473（http: ...

谢谢Sob老师详细的指导，我尽快学习尝试，非常感谢。

作者
Author: 关于时间DE 时间: 2023-8-28 19:40

sobereva 发表于 2022-4-19 18:15
构建初始结构，packmol就可以
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473（http: ...

sob老师，我构建了一个命名为box.pdb的3*3*10的盒子，（0 0 0）-＞（3 3 3）是固体二氧化硅的界面模型。现在想在这个盒子的（0 0 3）-＞（3 3 6）填充水从而建立固液界面模型。sob老师，如何用
packmol进行对已有盒子的填充呢，如果packmol不行，如何建立这样的盒子呢。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-28 19:53

关于时间DE 发表于 2023-8-28 19:40
sob老师，我构建了一个命名为box.pdb的3*3*10的盒子，（0 0 0）-＞（3 3 3）是固体二氧化硅的界面模型。 ...

如果盒子当前(0 0 3）-＞（3 3 6)是真空区，直接用gmx solvate填充就完了，比用packmol填充得更致密

作者
Author: 关于时间DE 时间: 2023-8-28 23:37

sobereva 发表于 2023-8-28 19:53
如果盒子当前(0 0 3）-＞（3 3 6)是真空区，直接用gmx solvate填充就完了，比用packmol填充得更致密

收到，谢谢sob老师，但用solvate有一个问题，有个别水分子会插入到二氧化硅层里。
然后我发现建立的二氧化硅不是周期性结构，在盒子边缘会有断键，这个怎么解决呢。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-29 01:35

关于时间DE 发表于 2023-8-28 23:37
收到，谢谢sob老师，但用solvate有一个问题，有个别水分子会插入到二氧化硅层里。
然后我发现建立的二氧 ...

把scale设大一些，使得水插不进去孔洞缝隙

(, 下载次数 Times of downloads: 0)

弄清楚是VMD的显示问题还是盒子尺寸设的问题。只是显示的问题就不用管。

作者
Author: 关于时间DE 时间: 2023-8-29 10:00

sobereva 发表于 2023-8-29 01:35
把scale设大一些，使得水插不进去孔洞缝隙

应该是盒子问题，跑em的时候会报错

作者
Author: zhangfaxue 时间: 2024-9-1 13:21

关于时间DE 发表于 2023-8-28 19:40
sob老师，我构建了一个命名为box.pdb的3*3*10的盒子，（0 0 0）-＞（3 3 3）是固体二氧化硅的界面模型。 ...

请问你是如何使用packmol构建固体二氧化硅的界面模型的？我根据体积和密度计算二氧化硅分子数构建出来的好像是液相而非固体二氧化硅了

作者
Author: 关于时间DE 时间: 2024-9-2 21:15

zhangfaxue 发表于 2024-9-1 13:21
请问你是如何使用packmol构建固体二氧化硅的界面模型的？我根据体积和密度计算二氧化硅分子数构建出来的 ...

二氧化硅晶体去构建

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