计算化学公社

标题: Fe配合物结构优化中一直报502错误 [打印本页]

作者
Author: ycmingjing 时间: 2022-4-20 10:36
标题: Fe配合物结构优化中一直报502错误
我在做二重态下的结构优化，但是一直报l502错误。按照网上的教程改也没成功。我认为是我的计算参数有问题。这是我最初的参数#p opt freq pbe1pbe/def2SVP scrf=(iefpcm,solvent=chlorobenzene) guess=read，麻烦各位老师帮助看看。

作者
Author: chands 时间: 2022-4-20 11:22
有个问题，这个总电荷数是0吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-4-20 15:09
结构不合理，Fe=O没有那么短，而且是垂直于卟啉平面的。
此外建议先收敛这个体系的一价阴离子，这个体系的卟啉是阳离子自由基，但是这个体系的一价阴离子里面卟啉配体是中性的，比较好收敛

作者
Author: chands 时间: 2022-4-20 15:50

wzkchem5 发表于 2022-4-20 15:09
结构不合理，Fe=O没有那么短，而且是垂直于卟啉平面的。
此外建议先收敛这个体系的一价阴离子，这个体系的 ...

不懂这一块，斗胆求教：Fe应该是IV价，卟啉只去了两个H是(-2)价，还有一个(=O)，一个(-HS)，是从pi键上抠一个电子出来吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-4-20 16:12

chands 发表于 2022-4-20 08:50
不懂这一块，斗胆求教：Fe应该是IV价，卟啉只去了两个H是(-2)价，还有一个(=O)，一个(-HS)，是从pi键上抠 ...

对，这个是P450催化的中间体，多抠掉的那个电子一般是从卟啉上面来的。但是Fe剩余的d电子以及S也有一定的给电子能力，再加上卟啉的HOMO和HOMO-1是接近简并的，所以SCF迭代过程中这个空穴可能会到处跑，跑到哪里能量都差不了太多，所以难收敛

作者
Author: chands 时间: 2022-4-20 16:23

wzkchem5 发表于 2022-4-20 16:12
对，这个是P450催化的中间体，多抠掉的那个电子一般是从卟啉上面来的。但是Fe剩余的d电子以及S也有一定的 ...

谢谢！

作者
Author: ycmingjing 时间: 2022-4-20 18:41

chands 发表于 2022-4-20 11:22
有个问题，这个总电荷数是0吗？

这个我不清楚，我是帮助别人计算的，别人只给我结构式，我去问问

作者
Author: ycmingjing 时间: 2022-4-20 18:56

wzkchem5 发表于 2022-4-20 15:09
结构不合理，Fe=O没有那么短，而且是垂直于卟啉平面的。
此外建议先收敛这个体系的一价阴离子，这个体系的 ...

谢谢，非常感谢

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-4-20 20:07

ycmingjing 发表于 2022-4-20 11:41
这个我不清楚，我是帮助别人计算的，别人只给我结构式，我去问问

这种体系研究的人特别多，一搜一大把，关键词就搜P450就行。里面会涉及很多算其他体系不会碰到的问题，比如同一个结构可能会有不止一个稳定波函数，也就是即便stable=opt的波函数很可能也是错的。我以前合作过的一篇文章也遇到过类似情况，很麻烦，没算过铁酶体系的人很可能从头到尾都算错了还不自知。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-4-20 20:49

wzkchem5 发表于 2022-4-20 20:07
这种体系研究的人特别多，一搜一大把，关键词就搜P450就行。里面会涉及很多算其他体系不会碰到的问题，比 ...

算过的肯定也有不自知，或者压根不知道收敛到哪里去的

作者
Author: chands 时间: 2022-4-20 20:54

wzkchem5 发表于 2022-4-20 20:07
这种体系研究的人特别多，一搜一大把，关键词就搜P450就行。里面会涉及很多算其他体系不会碰到的问题，比 ...

那怎么判断波函数对不对，看自旋，看轨道，看布居？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-4-20 21:03

chands 发表于 2022-4-20 13:54
那怎么判断波函数对不对，看自旋，看轨道，看布居？

对，我觉得先看布居比较好，因为这个不需要把波函数文件从服务器上下载下来再拖到可视化软件里，可以直接从输出文件看。布居结果符合预期的话，看一下自旋密度，如果也符合预期，就可以认为收敛对了。有的时候不能事先预期什么样的波函数才是能量最低的，此时应该尽量把所有可能的稳定波函数都找到，比哪个能量最低。

作者
Author: chands 时间: 2022-4-20 21:13

wzkchem5 发表于 2022-4-20 21:03
对，我觉得先看布居比较好，因为这个不需要把波函数文件从服务器上下载下来再拖到可视化软件里，可以直接 ...

谢谢！

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