计算化学公社

标题: 同时使用counterpoise和charge关键词得到的相互作用能异常 [打印本页]

作者
Author: iuhgnor 时间: 2022-4-20 19:42
标题: 同时使用counterpoise和charge关键词得到的相互作用能异常
各位老师好，我在计算两个分子的相互作用能时，使用Charge关键词添加了背景电荷，并使用counterpoise=2关键词进行bsse校正，发现得到的结合能数值异常。比如附件中两个水分子的结合能为：complexation energy = 397.01 kcal/mole (corrected)。猜想是因为背景电荷导致的。在高斯手册和谷歌上没有查到相关的解释，请问这种情况该怎么解决？谢谢。

输入文件和输出文件见附件。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-21 05:52
尝试用鬼原子方式手动做counterpoise里每个计算，手动得到BSSE校正能和校正后的结合能。便于弄清楚细节。

作者
Author: iuhgnor 时间: 2022-4-21 08:26

sobereva 发表于 2022-4-21 05:52
尝试用鬼原子方式手动做counterpoise里每个计算，手动得到BSSE校正能和校正后的结合能。便于弄清楚细节。

Sob老师，我尝试了不使用counterpoise关键词，在相同的背景电荷下计算两个单独的水分子和水分子二聚体的能量，得到E1、E2和E12，计算得到的结合能E12-(E1+E2)=393.29 kcal/mol。和前面用counterpoise关键词得到的结合能比较接近，应该是背景电荷导致的。

输入输出文件请见附件。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-21 08:32
我没时间具体细看，但大致看了一眼gjf文件，背景电荷的坐标数值相当大，和当前分子相距甚远，不知道你这么设有什么目的
另外，最好带着nosymm关键词，以确保背景电荷和分子的相对位置确实如预期

作者
Author: iuhgnor 时间: 2022-4-21 09:04

sobereva 发表于 2022-4-21 08:32
我没时间具体细看，但大致看了一眼gjf文件，背景电荷的坐标数值相当大，和当前分子相距甚远，不知道你这么 ...

Sob老师，谢谢回复。

我加上了nosymm关键词，将背景电荷的位置调整到水分子周围。计算了有/无背景电荷下的结合能（输入文件不同之处只是有无charge关键词和点电荷坐标）。

无背景电荷时结果正常，为7.82 kcal/mol，有背景电荷时为702.05 kcal/mol。
对比有无背景电荷时的能量发现，加上背景电荷，水分子1、水分子2和二聚体的绝对能量（scf done）分别下降712.07、698.23、700.43 kcal/mol，如下图所示。
加上背景电荷后，能量变化似乎和体系大小没有关系，请问这是因为什么？

作者
Author: snljty 时间: 2022-4-21 09:17
本帖最后由 snljty 于 2022-4-21 09:19 编辑

iuhgnor 发表于 2022-4-21 09:04
Sob老师，谢谢回复。

我加上了nosymm关键词，将背景电荷的位置调整到水分子周围。计算了有/无背景电荷 ...

你把背景电荷与背景电荷之间的相互作用能扣去再看。输出文件搜Self energy of the charges，大小写我忘了。这部分能量你算两个单体的时候被算了两遍，但是复合物里只有一遍，直接相减不能抵消，肯定有问题。
一般做QM/MM之类方法的时候，背景电荷之间的相互作用能不被归进QM部分，也有类似考虑。

作者
Author: iuhgnor 时间: 2022-4-21 09:25

snljty 发表于 2022-4-21 09:17
你把背景电荷与背景电荷之间的相互作用能扣去再看。输出文件搜Self energy of the charges，大小写我忘了 ...

扣除Self energy of the charges的能量（-1.1299897437 a.u.）后，计算得到的结合能为-7.03 kca/mol，确实是因为这个原因。太感谢了！

作者
Author: han- 时间: 2022-11-23 10:32
老师您好请问一下您的输入最后的这些背景电荷坐标是如何得到的呀？

作者
Author: iuhgnor 时间: 2022-11-23 10:51

han- 发表于 2022-11-23 10:32
老师您好请问一下您的输入最后的这些背景电荷坐标是如何得到的呀？

坐标是周围其他分子的坐标，电荷是相应的原子电荷

作者
Author: han- 时间: 2022-11-23 10:59

iuhgnor 发表于 2022-11-23 10:51
坐标是周围其他分子的坐标，电荷是相应的原子电荷

老师您这个主体是两个水分子，那其他分子是怎么放置的呀？有什么要求吗？

作者
Author: iuhgnor 时间: 2022-11-23 11:05

han- 发表于 2022-11-23 10:59
老师您这个主体是两个水分子，那其他分子是怎么放置的呀？有什么要求吗？

我是跑的MD，取的平衡后的结构。要求应该和计算目的有关。

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