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标题: 请问大家如何用Dmol3计算差分电荷密度画出差分电荷密度密度图 [打印本页]

作者
Author: 南晓 时间: 2022-4-20 21:28
标题: 请问大家如何用Dmol3计算差分电荷密度画出差分电荷密度密度图
请问大家如何用Dmol3计算差分电荷密度画出差分电荷密度密度图，是不是导出片段A，片段B，以及A+B的.grid文件请问再怎么操作，请大家指教

作者
Author: 卡开发发 时间: 2022-4-21 04:34
你可以参考http://bbs.keinsci.com/thread-28793-1-1.html。

作者
Author: 南晓 时间: 2022-4-21 09:12

卡开发发发表于 2022-4-21 04:34
你可以参考http://bbs.keinsci.com/thread-28793-1-1.html。

感谢我去看看

作者
Author: 南晓 时间: 2022-4-21 11:08

卡开发发发表于 2022-4-21 04:34
你可以参考http://bbs.keinsci.com/thread-28793-1-1.html。

您好我太菜了，看过您发的链接后还是看不懂，请问是不是会有将grid文件导出然后在origin中计算这样的

作者
Author: 卡开发发 时间: 2022-4-21 15:57

南晓发表于 2022-4-21 11:08
您好我太菜了，看过您发的链接后还是看不懂，请问是不是会有将grid文件导出然后在origin中计算这样的

有，这方法我以前提过，其实不同体系只要要求计算精度，包括截断半径的值（而不是精度）要求完全一样，进行计算，产生网格的精度也要完全一致（在性质计算中设置），然后产生的文件前几行的信息其实在做差的三个体系都是一样的，这样不去管这些信息，剩下的列排信息分别拷贝出来贴到Excel或者Origin直接做差后按照16位数（包括小数点）9位小数贴回其中一个grd文件即可。

手动做太容易出错，所以现在我是自己写python脚本处理，其实搞得清楚这一套格点信息的话不止能做电子密度差，连RDG、IGM都是可以实现的。

作者
Author: 南晓 时间: 2022-4-21 17:21
本帖最后由南晓于 2022-4-21 17:24 编辑

您好，我发现三个文件的前几行信息不一样，我计算的方法是对整个体系进行结构优化，优化完再进行总电荷密度的计算，然后删掉片段1计算片段2的总电荷密度，删掉片段2计算片段1的总电荷密度，三个文件产生的前几行数据如下，想请教一下前几行的信息为什么会不一致，我在计算时所有的参数设置完全一致，计算的体系为非周期性体系

DMol3 total electron density
(1p,e16.9)
  24.500  19.500  10.750  90.000  90.000  90.000
98 78 43
1 -7 91  125  203 15 58
0.000000000E+00
0.000000000E+00
0.000000000E+00
0.000000000E+00
0.000000000E+00
0.000000000E+00
0.000000000E+00
0.000000000E+00
DMol3 total electron density
(1p,e16.9)
  11.750 7.250  10.500  90.000  90.000  90.000
47 29 42
1 -7 40  167  196 15 57
0.000000000E+00
0.000000000E+00
0.000000000E+00
0.000000000E+00
0.000000000E+00
0.000000000E+00
0.000000000E+00
0.000000000E+00
DMol3 total electron density
(1p,e16.9)
  19.750  19.500  10.500  90.000  90.000  90.000
79 78 42
1 12 91  125  203 16 58
0.000000000E+00
0.000000000E+00
0.000000000E+00
0.000000000E+00
0.000000000E+00
0.000000000E+00
0.000000000E+00
0.000000000E+00

作者
Author: 南晓 时间: 2022-4-21 17:29

卡开发发发表于 2022-4-21 15:57
有，这方法我以前提过，其实不同体系只要要求计算精度，包括截断半径的值（而不是精度）要求完全一样，进 ...

您好不好意思还有一个问题就是我在论坛看到了另一位楼主关于Dmol3计算差分电荷的帖子，上面贴了一个脚本我用该脚本运行出现了该错误，想请教您一下这个错误的原因是什么，还请指教，多谢
楼主请问在运行中出现该问题是什么意思该咋解决请指教，这个是运行中出现该错误，便在第73行停止运行了
1 field size is:
99 79 44
2 field size is:
48 30 43
The fields are not the same size and hence cannot be worked on

作者
Author: 卡开发发 时间: 2022-4-21 17:35
本帖最后由卡开发发于 2022-4-21 17:37 编辑

南晓发表于 2022-4-21 17:29
您好不好意思还有一个问题就是我在论坛看到了另一位楼主关于Dmol3计算差分电荷的帖子，上面贴了一个脚本 ...

因为非周期产生盒子的尺寸是按照分子尺寸算的，图方便的话你可以设置成周期的，不带电荷且盒子够大的情况应该没有问题。虽然可以通过插值（例如三线性插值）做成对齐的，不过手续比较繁复（程序得自己写）也容易损失精度。

作者
Author: 南晓 时间: 2022-4-21 19:21

卡开发发发表于 2022-4-21 17:35
因为非周期产生盒子的尺寸是按照分子尺寸算的，图方便的话你可以设置成周期的，不带电荷且盒子够大的情况 ...

好的感谢我去试试

作者
Author: xiaoyang1 时间: 2024-10-12 11:39
您好，请问您的问题解决了吗，我也遇到了跟您一样的问题

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