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标题: rdf数据分析请教 [打印本页]

作者
Author: ywy 时间: 2022-4-21 14:33
标题: rdf数据分析请教
本帖最后由 ywy 于 2022-4-21 15:38 编辑

各位老师好，我的体系是A-D-A构型的有机小分子，进行了动力学模拟以后，分析径向分布，结果显示，D-A部分有两个峰，请问1.2nm处的是分子内的峰吗？出现的原因是什么以及该怎么消除它？恳请各位老师指教，谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-22 05:44
你量一下分子里相应两个原子间距离便知

想去掉的话，把此分子的[moleculetype]里的nrexcl设成很大的值，然后产生tpr。用gmx rdf结合这个tpr进行计算，并加上-excl

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