计算化学公社

标题: 如何统计模拟中存在氢键的残基数目 [打印本页]

作者
Author: mol 时间: 2022-4-21 14:46
标题: 如何统计模拟中存在氢键的残基数目
诸位老师好，小弟最近用gmx研究小分子在水溶液中的自组装行为，想统计下轨迹中每一帧和组装体存在氢键的水分子的数目，请问有好的办法么？
gmx_hbond是否能实现呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-22 02:25
gmx hbond可以统计水分子组和组装体组之间的氢键总数。如果一个水分子最多只能和一个组装体分子形成一个氢键，才能将氢键数当做你想求的水的数目。
对于其它情况，需要写VMD脚本分析。

作者
Author: mol 时间: 2022-4-22 09:05

sobereva 发表于 2022-4-22 02:25
gmx hbond可以统计水分子组和组装体组之间的氢键总数。如果一个水分子最多只能和一个组装体分子形成一个氢 ...

是，但是存在形成多个氢键的情况。
sob老师可以大概指点下vmd脚本的思路吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-23 03:03

mol 发表于 2022-4-22 09:05
是，但是存在形成多个氢键的情况。
sob老师可以大概指点下vmd脚本的思路吗？

假设水可以作为氢键给体和作为氢键受体的组装体形成氢键，并且所有水和所有组装体分别定义为了atomselect0和atomselect1，运行measure hbonds 3.5 30 atomselect0 atomselect1可以得到三个列表，其中第一个列表是给体原子序号（数目等同于氢键数），即水里面的氧的序号。将列表去重，之后的元素数就是与组装体形成了氢键的水的数目了。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)