计算化学公社

标题: 请问如何用高斯模拟分子结构的演化？ [打印本页]

作者
Author: 柯柯爱喝热可可 时间: 2022-4-21 20:01
标题: 请问如何用高斯模拟分子结构的演化？
比如我现在用高斯已经得到某个分子被激发后的离子态的势能曲面，我能不能用高斯研究这个分子离子从势能曲面上的某个位置跑到另外一个位置的路径是怎样的，要花多长时间？然后如果可以实现，要怎么实现呢？，谢谢大家。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-4-21 20:52
这个是从头算分子动力学的研究范畴。如果已知分子只在这一个势能面上演化，不会跑到其他势能面上，那么可以跑BOMD，否则高斯做不了，必须结合Newton-X来做非绝热动力学

作者
Author: 柯柯爱喝热可可 时间: 2022-4-21 21:31

wzkchem5 发表于 2022-4-21 20:52
这个是从头算分子动力学的研究范畴。如果已知分子只在这一个势能面上演化，不会跑到其他势能面上，那么可以 ...

谢谢老师！另外，可以请问一下，怎么确定分子是否只在一个势能面上演化呢，我不太理解这句话

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-4-21 21:47

柯柯爱喝热可可发表于 2022-4-21 14:31
谢谢老师！另外，可以请问一下，怎么确定分子是否只在一个势能面上演化呢，我不太理解这句话

就是比如说如果分子一开始是在S1态，你如果确定它在你研究的时间段里一直处于S1态，而不会变成S0、S2、T1之类的，那就是在一个势能面上演化

作者
Author: 柯柯爱喝热可可 时间: 2022-4-21 22:30

wzkchem5 发表于 2022-4-21 21:47
就是比如说如果分子一开始是在S1态，你如果确定它在你研究的时间段里一直处于S1态，而不会变成S0、S2、T1 ...

好的好的，感谢老师！我大概懂了，感谢指导！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-22 02:36
从头算动力学给你的是考虑热运动的路径，通常随机化初速度，因此每次跑的结果都不同，都和理想路径（类似于对化学反应而言的IRC）。可以跑大量轨迹，获得平均时间，以及得到平均化的路径。

如果以静态方式研究，可以按下文，用中性态优化的结构当初始结构，在离子态势能面下得到downhill路径
谈谈Gaussian产生downhill路径的功能
http://sobereva.com/571（http://bbs.keinsci.com/thread-19372-1-1.html）
downhill路径直接连接的离子态的极小点结构可能还联通其它极小点，对应异构化、解离产物，可以在离子态势能面上进一步找相应的过渡态、跑IRC等。

作者
Author: 柯柯爱喝热可可 时间: 2022-4-22 15:06

sobereva 发表于 2022-4-22 02:36
从头算动力学给你的是考虑热运动的路径，通常随机化初速度，因此每次跑的结果都不同，都和理想路径（类似于 ...

谢谢sob老师！我会尝试一下老师说的方法，感谢指导！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)